囊肿手术可以医保报销。
只要患者交有合作医疗和医保是可以报销的，在正规医院住院后能报销的，门诊处理是一般不能报销。囊肿一般为良性疾病，较小的囊肿可在普通外科门诊手术室进行门诊手术，费用较低，手术费约几百元左右。加上麻药和麻醉费用，一般也是需要几百元。
不同类型医保的报销方式具体如下：
1、门诊报销：当医保持卡人在定点医院等机构进行就医时，只需要按正常的顺序刷卡就医，表明个人已参与医保缴纳，等到就医结束后就能使用医保卡账户的余额或现金结算个人应该承担的那部分，剩下部分则由医保机构和医院来承担，完成相关的医保报销；
2、住院报销：医保持卡者在住院时，要先缴纳住院押金，等到出院进行结算时，直接刷医保卡，就会自动从一开始缴纳的住院押金中扣掉个人需自费的部分，多退少补。有一点医保持卡人需要知道，不同地区对住院的报销比例是不同的。如果住院费用未达到当地的起付线时就需要个人进行承担，若达到了就会由医保来进行报销。
医保报销如下：
1、医保户要准备好住院、医保报销的材料：个人在出院前，主治医师会开具相关的诊断书、病案单等等；
2、出院结账：住院的发票清单一定要保存好；
3、将这些要报销的内容材料拿到用户所在地的医保报销机构去报销；
4、医保机构会对用户提交的资料进行审查，确认无误会将报销金额汇入用户账户内。
具体如下：
1、门诊报销：当医保持卡人在定点医院等机构进行就医时，只需要按正常的顺序刷卡就医，表明个人已参与医保缴纳，等到就医结束后就能使用医保卡账户的余额或现金结算个人应该承担的那部分，剩下部分则由医保机构和医院来承担，完成相关的医保报销；
2、住院报销：医保持卡者在住院时，要先缴纳住院押金，等到出院进行结算时，直接刷医保卡，就会自动从一开始缴纳的住院押金中扣掉个人需自费的部分，多退少补。有一点医保持卡人需要知道，不同地区对住院的报销比例是不同的。如果住院费用未达到当地的起付线时就需要个人进行承担，若达到了就会由医保来进行报销。
职工医保报销比例根据住院费用的高低划分，一千三百元至三万元之间的报销比例为85%，三万元至四万元之间的报销比例为90%，四万元至十万元之间的报销比例为95%，十万元至三十万元之间的报销比例为85%。
居民医保由城镇居民医保和新农合并组成。报销比例为：一级医院报销比例为65%，起付线为三百元；二级医院六千元以下报销比例为65%，高于六千元报销比例为80%，其中县二级医院起付线为四百元，市二级医院起付线为六百元；三级医院，县三级医院起付线为六百元，报销比例为65%，高于六千元报销比例为80%，而市三级医院起付线为八百元。一万两千元以下报销比例为55%。高于一万两千元报销比例为75%。
《中华人民共和国社会保险法》
第二十八条
符合基本医疗保险药品目录、诊疗项目、医疗服务设施标准以及急诊、抢救的医疗费用，按照国家规定从基本医疗保险基金中支付。