你好朋友，认真读完了你的问题所有内容。
从情形来看，个人猜测有三种可能：
一，她认识你之后，对你有好感，且持续，但她可能是一个对一个人需要达到了解到比较深的地步，才会主动去想将好感质变为恋爱或者爱情。她防备心比较强，也或许考虑的比较多，或者在心中权衡你的所有条件，而你表白的可能过早了些，她一时不知道该如何跟你说，只好拒绝，可能认为你的耐心不足。女孩子都比较喜欢被追逐的感觉，也是一种考验男孩子的方式，而你过早表白她可能觉得你是一个心急的人；
二，她认识你之后，正好内心比较孤独，于是在一些时刻，特别是放假比较闲的时候无聊，就找人聊天，一种无意识的暧昧和温暖。这种感觉对年轻异性之间是有一种说不清楚的吸引力的；
三，不知道你说的“聊电话的时候也挺暧昧的”，这种“暧昧”是种什么意思，是羞涩的娇嗔呢，还是轻微的挑逗呢。无法推断她是一个什么样的人。
从整个过程来看，第一种可能性比较大。就是她是一个特别小心的女孩子。但过于慎微，从而面对男女感情来得过快的时候不知所措。甚至采取非常决绝的方式，比如跟别人说不认识你。对于说“你这样说的话我们连朋友都不是”这种拒绝说法很正常，女孩子有时候就是这么小心眼的冷漠。
此时，你应该像刚认识的时候那样给她短信或者电话，建议先来一段时间短信。个人给你草拟短信如下，原创，所以也只是代表了个人的感想，你可以稍作修改，内容如下：
【有的时候一个人/
看看蓝蓝的天/
等夜幕低垂/
蓝天不见了/
会去想一个人的容颜/
原来/
不是只一个人/
是两个；
有的时候两个人/
踯躅在两条平行线/
他们或许/
永远都不会有邂逅的交点/
才明白/
原来不是两个人/
只是一个；
这个时候/
只剩下/
再次抬起头/
望望蓝蓝的天
……
曾经习惯了有一个特别的朋友的相伴，岁月流水般溜走，但生活是开心的，非常感谢你陪我的那些时光，也一直在怀念着。虽然有时候我是一个理性的人，但毕竟也有步伐慌乱的时候。所以如果我慌乱的脚步曾经惊异了你平静的生活，请原谅。遇到你纯属偶然，于是希冀美丽的邂逅能成为一种永恒的现实，或许正因为如此想象，希冀才变得让人感动吧。我曾认为作为一个勇敢的男孩子，如果连希冀过度到真实的勇气都没有，那希望的可能性注定为零，机会不是风筝，一味放飞还可以拉回来。如果彼此错过，它连拉回的线都没有。可我忘记了，其实机会有很多种，有成为恋人的机会，有成为好朋友的机会。既然我丢掉了第一个机会，我不想再丢掉第二个。所以我想在接下来的日子里，想用微笑和真诚继续那份自如轻松的朋友之间的自由自在，不知道你能给我这个机会吗？一直以为，茫茫人海，和一个人的相遇是种奇迹，既然如此不易，为什么要狠心的将所有情谊都一刀斩断呢？这是多么的残忍。我赞同你所有的决定，但希冀能用我的作为朋友的真诚换来你明媚的笑容，而不是冰冷的背影。请允许我已经斗胆将你当作好朋友来对你说了这些话。如果你的决定还是给我冰冷的陌路的背影，我也不会再打扰你。毕竟，如果一潭平静的湖波，不想让石子来惊扰她，即使这枚石子落入激起的圈圈涟漪是多么美丽，这枚石子也是不忍心的。期待你的回音…… 】
短信呢，临时就写这么多了。你也看出来了，虽然是以朋友的身份，但毕竟加入了很多不同于朋友的意思和一些希冀发展机会。你看看合适不。如果帮不到你，你可以发消息给我，或者，自己想想办法啦。
朋友，你现在需要的当然是自信。我们没必要自卑，即使再次的努力仍然付诸东流。那不是说我们的个人魅力不行，而是或许另一个人觉得和我们不合适，仅此而已。君子好逑，一点错没有。世界上最不能勉强的就是感情，强扭的瓜不甜，女孩子也不能惯出毛病来，趾高气扬的爱情，我们宁可舍弃，也不去乞求。因为，我们是顶天立地的男人！所以，再好好努力一次，给自己，也给她一次机会。如果不行，放弃！毕竟，“天涯何处无芳草”，对吗？
祝你好运，朋友！加油！
——扎辫子的眼圈 09.04.23 08：33
ps：补充一下：
现在写手写信的人很少了，所以复古一下会有全新的感觉。短信有些长，你可以尝试写封信用淡雅一点的信纸和一个好信封装好，封口，然后自己在路边等她亲手交给她，或者让信得过的人转交。
再说，短信如果一时想错了可能就删了，后来后悔再也找不回来，机会就全丢失了。如果是手写信的话，起码撕了比删短信难些，还可能看完一时想错扔在一边，但后来觉得想得不对或者没事又翻出来看，这样，不就又多了一次机会么。
你斟酌一下，看看不行试试。注意：信纸和信封图案不建议太过华丽，或者图案夹杂文字过于直露。
祝你好运！~
——扎辫子的烟圈 08：43
参考资料：烟圈self，转用请消息告知。