法律分析：三方协议是由毕业生、用人单位和学校三方之间就学生就业方向签订的一种协议，由三方共同签署后生效。对签约的三方都有约束力。
但是，三方协议只是毕业生、用人单位、学校三方之间签订的就业意向，不是劳动关系的法律文件。
首先就是补办。如果确认的就业协议和推荐表丢失了，那就要到原学校申请补办，但补办以前可能需要到当地的权威报纸去登声明声明原协议和推荐表作废。具体的事宜可以咨询毕业学校的就业指导中心。
第二、如果只是个人那份丢了，基本上没有关系。今后比如转正定级什么的只要去人才市场或者人才中心凭身份证就能调阅相关资料，可以写个证明，说明自己的丢了，然后到人才市场让他们复印一份，盖个章，和原来那份是等效的。
法律依据：《中华人民共和国民法典》第五百零二条 依法成立的合同，自成立时生效，但是法律另有规定或者当事人另有约定的除外。
依照法律、行政法规的规定，合同应当办理批准等手续的，依照其规定。未办理批准等手续影响合同生效的，不影响合同中履行报批等义务条款以及相关条款的效力。应当办理申请批准等手续的当事人未履行义务的，对方可以请求其承担违反该义务的责任。
依照法律、行政法规的规定，合同的变更、转让、解除等情形应当办理批准等手续的，适用前款规定。