在正常情况下，各种带负电荷的磷脂位于细胞膜脂质双层的内层，不被免疫系统识别；一旦暴露于机体免疫系统，即可产生各种抗磷脂抗体。抗磷脂抗体不仅是一种强烈的凝血活性物质，激活血小板和促进凝血，导致血小板聚集，血栓形成；同时可直接造成血管内皮细胞损伤，加剧血栓形成，使胎盘循环发生局部血栓栓塞，胎盘梗死，胎死宫内，导致流产。近来的研究还发现，抗磷脂抗体可能直接与滋养细胞结合，从而抑制滋养细胞功能，影响胎盘着床过程。
目前已知在这一免疫调节过程中，滋养细胞HLA-G 抗原表达可能起着十分重要的作用。另外，在正常妊娠的母体血清中，存在一种或几种能够抑制免疫识别和免疫反应的封闭因子，也称封闭抗体，以及免疫抑制因子，而习惯性流产患者体内则缺乏这些因子，因此，使得胚胎遭受母体的免疫打击而排斥。
（1）封闭因子。封闭因子是一组IgG 型抗配偶淋巴细胞毒抗体。
一般认为，封闭因子既可直接作用于母体淋巴细胞，又可与滋养细胞表面特异性抗原结合，从而阻断母儿之间的免疫识别和免疫反应，封闭母体淋巴细胞对滋养细胞的细胞毒作用。还有认为封闭因子可能是一种抗独特型抗体，直接针对T 淋巴细胞或B 淋巴细胞表面特异性抗原受体（BCR/TCR），从而防止母体淋巴细胞与胚胎靶细胞起反应。在体外，封闭因子可以抑制混合淋巴细胞反应（MLR）。
（2）HLA 抗原。几十年来，同种免疫型习惯性流产与HLA 抗原相容性的关系一直存有争议。近年来的观察发现，HLA-G 抗原在习惯性流产的发病中可能具有重要作用。另外，在习惯性流产的易感基因或单体上的研究上也取得了一定的进展。
HLA-G：早在20 世纪70 年代，就有学者提出习惯性流产可能与夫妇HLA 抗原的相容性有关。认为，在正常妊娠过程中，夫妇或母儿间HLA 抗原是不相容的，胚胎所带的父源性HLA 抗原可以刺激母体免疫系统，产生封闭因子。对HLA 抗原相容性的研究主要涉及HLA-Ⅰ类抗原分子的A、B 位点以及HLA-Ⅱ类抗原分子的DR、DQ 位点。然而，经过20 余年的研究，目前尚难定论HLA 抗原相容和习惯性流产的确切关系。近年来，随着分子生物学检测水平的提高，人们更多地发现，习惯性流产患者夫妇或母儿间不一定存在HLA 相容性增大的现象。但是，发现HLA-G 抗原的表达可能参与习惯性流产的发病。
一般认为滋养细胞本身并不表达经典的HLA-Ⅰ类抗原分子。近年来，多数学者已证明，滋养细胞可以表达一类非经典的HLA-Ⅰ抗原，该抗原能与W6/32 和β2m 抗体特异性结合，其分子量较低。
这种HLA-Ⅰ类抗原现已命名为HLA-G 抗原。实验观察到滋养细胞表达HLA-G 的水平是随着妊娠的进程而逐渐下降的，说明HLA-G基因的表达是受胚外组织调控的。目前认为，滋养细胞表达HLA-G抗原的主要作用是调节子宫胎盘局部的免疫反应。HLA-G 能够引起抑制性免疫反应，这种反应对胎儿具有保护性作用，能够抑制母体免疫系统对胎儿胎盘的攻击。虽然已有学者提出，习惯性流产可能与滋养细胞HLA-G 表达异常有关；但是，其确切机制尚不清楚，有待进一步研究。