常用的登记注册的微生物农药有：杀虫剂：苏云金芽孢杆菌、棉铃虫NPV 、银纹夜蛾NPV 、斜纹夜蛾NPV、黏病毒 、小菜蛾病毒、草原毛虫NPV、蟑螂病毒；杀菌剂：亚宝、力宝、地衣芽孢杆菌、假单胞菌、荧光假单胞菌、蜡质芽孢杆菌、木霉菌；植调剂：增产菌、枯草芽孢杆菌。常见的微生物可以有效地防治棉铃虫、斜纹夜蛾、小菜蛾等害虫和一些真菌、细菌病害。
微生物农药使用时应注意：①要避免施用时温度过低。生物农药施用时都要求较高的温度。试验表明，在25～30℃，喷施后的微生物活体农药防治效果要比在10～15℃的高出1～2倍。②要避免在干燥的天气下施用。最好选择阴天、雨后或早晨等湿度大时施用。③要避免强太阳光。太阳光中的紫外线对芽孢有着致命的杀伤作用，而且紫外线的辐射对伴孢晶体还能产生变形降效作用，因此要选择在下午4点以后或者阴天施用，发挥效果更好。④要避免施用后遭大雨冲刷。芽孢最怕大暴雨冲刷，因为暴雨会将喷施的菌液冲刷掉。⑤要避免与杀菌剂混用。如块状耳霉菌，作为一种真菌杀虫剂，药效是通过块状耳霉菌的活孢子作用来实现的。但作为一种活体真菌，如果与杀菌剂混用，它们被杀菌剂致死，自然失去杀虫作用。