提出质疑的理由是招标人的这一做法违背招标投标法第四十三条的规定。第四十三条规定如下： 在确定中标人前，招标人不得与投标人就投标价格、投标方案等实质性内容进行谈判。
招标和其他采购形式的最大区别就是投标人只进行一次报价。我国法律法规也是如此规定的，比如《招标投标法》第四十三条、七部委30号令第五十九条、七部委27号令第四十九条，以及《招标投标法实施条例》第五十七条均规定：
无论公开招标，还是邀请招标，投标人编制投标方案和投标价格是不能改变的，也就是说投标价格报高的不扣，报低的不加，漏项也不补。因此中标人的投标价格（经过算术错误修正后）就是中标通知书招标人接受的价格，也即是签约的合同价。
结论：招标人要求投标人进行二次报价是违反法律法规的。也就是说必须依据招标文件和中标人的投标文件签订合同。