一、概念不同
注释，是对书籍或文章的语汇、内容、背景、引文作介绍、评议的文字。
参考文献是在学术研究过程中，对某一著作或论文的整体的参考或借鉴。征引过的文献在注释中已注明，不再出现于文后参考文献中。
二、分类不同
注释：中国古代分得较细，分别称之为注、释、传、笺、疏、章句等。包含的内容很广。诸凡字词音义、时间地点、人物事迹、典故出处、时代背景都是注释对象。有脚注、篇末注、夹注等形式。
古籍注释列在正文之中，有双行夹注和夹注。现代书籍注释列于正文当页之下，称脚注，亦称本面注；列于文章之后或列于书籍之后者称篇末注。不管采用何种方式，全书注文的编排一般要求统一，以便于读者查考。
文献类型：专著[M]，论文集[C]，报纸文章[N]，期刊文章[J]，学位论文[D]，报告[R]，标准[S]，专利[P]，论文集中的析出文献[A]。
电子文献类型：数据库[DB]，计算机[CP]，电子公告[EB]，
电子文献的载体类型：互联网[OL]，光盘[CD]，磁带[MT]，磁盘[DK]。
三、来源不同
注释在现代学术作品中一般分内容解释和来源解释两种。
前者多指对文章或书籍中某一部分词句作进一步说明，但为了防止冗杂而把它放在段落之外（文末或页边）。
后者一般是为了保障原作者的著作权，注明某此语句、词语、观点的来源，以便读者的查证，另一方面也是为了尊重他人的知识产权和劳动。
参考文献的著录来源是被著录的文献本身。专著、连续出版物等可依次按题名页、封面、刊头等著录。缩微制品、录音制品等非书资料可依据题名帧、片头、容器上的标签、附件等著录。
2、注释。是对书籍或文章的语汇、内容、背景、引文作介绍、评议的文字。为了保障原作者的著作权。
3、参考文献是在学术研究过程中，对某一著作或论文的整体的参考或借鉴。征引过的文献在注释中已注明，不再出现于文后参考文献中。
按照字面的意思，参考文献是文章或著作等写作过程中参考过的文献。然而，按照GB/T 7714—2005《文后参考文献著录规则》的定义，文后参考文献是指：“为撰写或编辑论文和著作而引用的有关文献信息资源。”根据《中国学术期刊（光盘版）检索与评价数据规范（试行）》和《中国高等学校社会科学学报编排规范（修订版）》的要求，很多刊物对参考文献和注释作出区分，将注释规定为“对正文中某一内容作进一步解释或补充说明的文字”，列于文末并与参考文献分列或置于当页脚地。本回答被网友采纳
如果论文中某句话是直接引用别人论文的内容，就加注释。如果在写论文过程中看了别人的文章并有所启发，但没有直接引用别人的观点，那就加参考文献。一般注释需在正文中有序号与之一一对应，但参考文献只需在文章最后列出所有你在写文章时参考过的文章即可。