外来种的入侵是生物多样性丧失的另一个原因。全球经济活动促进了贸易和交通系统的发展，也引起了外来种入侵的问题。生物入侵将对当地原有生物群落和生态系统造成极大威胁，导致群落结构变化、生境退化，导致生物多样性下降。例如，福建沿海在20世纪80年代引进互花米草作为海滩护堤植被和牧草，但由于互花米草在新的环境中繁殖力极强，迅速蔓延，结果严重破坏了海滩养殖业和生物群落。
处于特殊的生态地理环境下的岛屿，其生态系统相对脆弱，极易受外来种的干扰。夏威夷每年约有20种无脊椎动物传入并在那里建立种群，其中一半是有害种，严重危害岛上的农业、林业及人类的健康。
生物多样性的保护和管理的目标是通过不减少基因与物种多样性，不毁坏重要生境和生态系统的方式，保护和利用生物资源，以保证生物多样性可持续利用和人类社会的可持续发展。由于生物多样性丧失和遭受威胁的因素复杂多样，因此，保护生物多样性的途径也不尽相同。
目前，世界不少国家为保护生物多样性的永续利用，维持生态系统的相对稳定性，保护人类生存环境等方面曾做出过种种努力，采用过诸如经济的、行政的、技术的措施等，虽已收到一定成效，但却未解决根本问题。世界环境与发展委员会1992年在巴西会议上明确指出，如果要想永续利用生物资源，保护生物多样性，各国政府必须制定一套完整的保护生物多样性的政策和法律条文。这些政策和法规包括国际的、国家的和地方的。各国在制定有关政策法规之前，必须制定一套符合本国国情的自然保护战略，为生物多样性保护工作长期稳定均衡发展，奠定一个坚实的基础。
全球生物多样性保护进程中具有划时代意义的《生物多样性公约》于1992年6月5日在巴西里约热内卢召开的联合国环境与发展会议上公布，并于1993年12月29日生效。该公约是全面探讨生物多样性的第一个全球性协议，也是解决生物多样性问题的重要国际文件，它为可持续利用和生物多样性以及公平地分享使用遗传资源提供了一个全面的方案。
我国是世界上生物多样性最丰富的国家，也是最早签署和批准公约的国家之一。自1993年该公约正式生效实施和我国政府正式批准公约以来，我国政府为保护生物多样性和履行公约，积极认真地开展了一系列卓有成效的工作。①建立了国家统一监管和部门分工负责相结合的国家协调机制。成立了以国家环保总局牵头，有国务院20个部门参加的中国履行《生物多样性公约》工作协调组，并在国家环保总局成立《生物多样性公约》履约办公室，建立了国家履约联络点、国家履约信息交换所联络点和国家生物安全联络点。②加强了立法和执法。为控制生物多样性锐减的趋势，我国已制定和颁布了生物多样性保护法律、法规20多项，基本形成了保护生物多样性的法律体系。各有关部门和地方政府每年都联合或分别组织一系列执法检查，严厉打击和查处破坏生物多样性的违法活动，使中国生物多样性保护初步走上有法可依、依法管理的轨道。我国在生物多样性保护方面已做了大量工作，但仍需继续努力，以确保我国生物资源永续开发利用，缓解人口急剧增长与资源枯竭的矛盾。
生物多样性是地球生命发展进化的结果，是大自然赋予人类的宝贵财富，是人类赖以生存的物质基础，更是人类起源和进化的基础。因此，从某种意义上讲，保护生物多样性就是保护人类自己。然而，这些最基本的道理，有许多人却不知道。不少政府官员和广大群众对生物多样性概念、生物多样性保护的重要性以及有关的法律法规还比较陌生，缺乏生物多样性保护应有的基本知识和保护意识，因此，在生物多样性保护中，加强宣传教育工作势在必行。国家各级政府和有关部门必须利用大众宣传媒介进行广泛的宣传，同时，在各级各类学校中进行正规教育。总之，可以通过各种途径提高全民保护生物多样性的意识，使之懂得保护生物多样性的必要性和破坏生物多样性的后果。
研究生物多样性是保护生物多样性的基础。第一，做好濒危物种现状调查。要保护物种必须首先掌握各物种的分布、生境、数量、濒危原因、利用状况和已采取或拟采取的保护措施等，并建立濒危物种的档案资料。根据物种濒危程度划分为绝迹、濒危、易危、稀有、未定、正常等不同等级，并汇编濒危物种名录。制定濒危物种拯救保护计划，根据物种濒危程度分轻重缓急，有计划地开展科学研究，采取有效的保护措施。第二，用人工饲养和繁殖濒危野生动植物。对于数量已经下降到仅仅靠采取保护栖息地的措施已难以避免使其达到灭绝程度的动物，必须采取其他更为有效的迁地保护措施，其措施之一就是建立野生动物库，即靠人工饲养和繁殖来保存濒危的野生动物，并在适当时机恢复其野生种群。
生物多样性研究已得到世界各国的普遍关注。早在20世纪80年代就已开始，最初唤起人们警觉的是那些大型的濒危动物，当时世界自然保护联盟(IUCN)提出的保护都是针对这些大型动物的。后来人们逐渐认识到保护一个物种，首先要保护它的栖息地和它所在的生态系统，于是保护的重点逐渐由单纯保护物种转移到保护关键地区的生态系统。1996年7月6个国际组织共同提出了国际生物多样性科学研究计划。该计划提出了5个核心研究计划和5个特殊研究领域。其中5个核心研究计划是：（1）生物多样性的生态系统功能。（2）生物多样性的起源、维持和变化。（3）生物多样性的编目和分类。（4）生物多样性的监测。（5）生物多样性的保护、恢复和可持续利用。5个特殊研究领域是：（1）土壤和沉积物的生物多样性。（2）海洋生物多样性。（3）微生物生物多样性。（4）淡水生物多样性。（5）人类对生物多样性的影响。
生物多样性保护是一个全球性行动计划，广泛开展国际合作是当代保护生物多样性的又一重要途径。它不仅可以促进生物资源的开发与保护，而且可促进科学的发展。在生物多样性保护中，广泛开展国际合作是由生物多样性本身的特性所决定的。首先，生物多样性衰竭所产生的恶果，带来的灾害，往往是全球性的；其次，某些生物资源的存在不受国界的限制，例如一些动物、候鸟及迁徙的鸟类，其活动范围及迁徙路线往往跨越几个国家；第三，有些生物资源和自然资源则属各国公有，例如公海中的生物资源为人类公有资源。
知识点
遗传多样性广义的遗传多样性是指地球上所有生物所携带的遗传信息的总和。但一般所指的遗传多样性是指种内的遗传多样性，即种内个体之间或一个群体内不同个体的遗传变异总和。遗传多样性可以表现在多个层次上，如分子、细胞、个体等。在自然界中，对于绝大多数有性生殖的物种而言，种群内的个体之间往往没有完全一致的基因型，而种群就是由这些具有不同遗传结构的多个个体组成的。