一、指导思想
以邓小平理论和 “三个代表”重要思想为指导，贯彻中央关于人口、资源、环境的基本国策和可持续发展战略、科教兴国战略，深入贯彻和落实科学发展观，以经济建设为中心，抓住国家实施西部大开发和 “稳疆兴疆，固边富民”战略机遇，以及新时期党中央支持新疆实现跨越式发展和长治久安的大好机遇，提出了 “立足国内，拓展国外，延伸产业，持续发展”十六字方针，大力实施 “大企业，大集团”战略及优势资源转化战略，坚持开发与保护并重，勘查与开发并举，合理布局、分步实施、深度加工，从而加快矿产资源优势向矿业经济优势转变，加速矿产资源大区向矿产资源强区的转变。在阿勒泰矿业特区内建立功能明确的矿业园区及分工明确的工业园区，产生产业集聚效应，以市场为导向、以经济效益为中心、以科技进步为动力，正确处理好当前与长远、整体与局部的关系，依靠科技进步和科学管理，合理开发利用和有效保护矿产资源。加强与周边国家毗邻地区的国际合作，通过矿业特区建设，促进经济发展，维护社会稳定，促进民族团结。
二、基本原则
围绕特区建设的指导思想，必须坚持以下原则:
立足阿勒泰地区实际情况，面向世界、面向新疆，开源节流并重、开发与保护并重，发挥市场机制优化配置资源的基础作用，加强矿业国家间合作，矿业开发坚持经济效益、社会效益、资源效益与环境效益相统一，矿产资源开发利用与区域经济协调发展。
( 一) 立足实际，发挥优势
阿勒泰地区矿产资源丰富，矿产资源具有 “带状集中分布，三多、一低三大、一强”的特点; 土地资源十分丰富，开发利用潜力巨大; 水资源丰富，时空分布不均，要加强控制性水利工程建设; 阿勒泰地区草场与畜牧资源丰富，加强监管、逐步规范后，畜牧业发展具有较大潜力; 旅游资源丰富，具有开发利用的巨大潜力。陆地边境线长，口岸经济快速发展以及阿勒泰地区与其他五方较好的合作前景为利用周边国家资源创造了良好的条件。但是，阿勒泰地处遥远西北边疆，高寒多灾，气候多变，地貌复杂多样 ，是一个以牧为主、农牧结合的少数民族地区，经济欠发达、基础设施建设相对薄弱、自然生态环境脆弱，长期的矿业活动导致矿山地质环境问题突出，地质灾害呈现日益严重的趋势。矿业特区的建设要充分发挥资源优势，注重环境保护，维护社会稳定，促进民族团结，实现地区经济的持续快速发展。
( 二) 规划优先，注重实施
各类规划是矿业特区建设的前提，在特区建设中，必须以各级各类总体及专项规划为依据，根据阿勒泰地区的实际情况，加强阿勒泰地区矿产资源总体规划、矿业园区及工业园区建设规划、产业发展规划、循环经济发展等规划编制的研究，重视规划的引导作用，发挥规划的 “龙头”作用，实行规划先行，认真落实各项规划，使得矿业特区的建设有条不紊地进行。
( 三) 调整结构，合理布局
矿业特区的建设是一项综合性很强的工作，要搞好矿产资源的合理利用，正确处理和协调好各矿业园区的矿产品深加工种类，调整矿业结构，对其矿业园区及工业园区的功能进行合理定位，加强各矿业园区和工业园区之间的交流合作，协调好微观和宏观、近期和长远、直接利益和间接利益之间的关系。明确各矿业园区建设发展的优先顺序，为矿业特区的建设提供良好的载体和发展平台。
( 四) 加强合作，互利共赢
阿勒泰地区四周与蒙古、哈萨克斯坦、俄罗斯 3 国陆路相接，周边有红山嘴、塔克什肯、吉木乃和阿黑吐别克 4 个口岸，是发展周边贸易的集散地、自治区 “东联西出”的流通要塞和经济文化交流的枢纽。该地区矿产资源丰富，矿业园区的建设将集中发展矿业深加工，延长产业链。通过前面对阿勒泰地区实现矿业深加工所需的矿产资源进行供需分析，可知一部分资源如铁、铜资源比较短缺，需要从区外引入。2009 年实现了利用哈萨克斯坦天然气，蒙古煤炭、铁矿的历史性突破。加之对周边国家考察调研，得知 3 国仍有与我国加强矿业合作的愿望。因此，阿勒泰地区加强与周边国家的交流合作，实现资源的互补具有重要的战略意义。
( 五) 创新科技，节约资源
加强科技攻关，注重理论基础和应用技术的研究，努力提高共伴生矿、复杂难处理矿和尾矿等矿业废弃物的开发利用，在 5 大矿业园区内大力发展循环经济，节约与综合利用矿产资源。要大力发展科技水平高、产品附加值高的矿业深加工项目，用最先进的工艺、技术和设备生产出高质量、品种多、高档次以及节能环保的产品，将矿业特区打造成为科技创新高地及资源综合利用的区域。同时，加强与周边国家毗邻地区先进技术的交流，使得特区资源更加合理有效利用，实现效益的最大化。
( 六) 完善体制，优化配置
创设新的、更能有效激励人们行为的矿业体制和运行机制来实现矿业特区的建设。发挥政府合理配置资源的作用，明确矿业特区内各矿业园区及工业园区空间范围，并对其功能进行合理定位，同时，在矿业特区建设的不同阶段，确定地质勘查、开发利用及矿产资源节约与综合利用目标，实现资源时间和空间开发利用的优化配置。建立适合矿业特区建设实际的管理体制、投资体制和开发利用体制等，并确保其顺利实行，逐步完善特区的建设。