基层卫生组织疫情防控管理包括：
1、谨慎接诊三类群体
遇到这三类患者要谨慎处理：发热病人；外地来人，尤其是从中高风险地区返乡的人员；与确诊、疑似病例接触的人群。
对以上三类人群，必须按照上级要求处置，并及时上报，安排好患者转诊。
对就诊患者一定要做到引导其“扫码、测温、戴口罩”防疫三要素，不可马虎大意。
2、及时掌握疫情防控基本知识
基层医疗机构人员、诊所人员等要加强对新冠肺炎疫情防控基本知识掌握情况，包括病例的发现与报告、流行病学调查、转诊要求、院感管理和个人防护措施等。
3、做好流行病学史询问及健康监测
对重点疫区来村人员、入境人员进行流行病学史询问、搜集及健康监测，对不明原因发热患者进行排查、登记、报告以及转诊情况。
4、落实“六有两规范”
即临时预检有登记、诊疗有日志、疫情有报告、转诊有记录、用药有处方、药品有台账、抗生素使用规范、医疗废物管理规范。
对有发热或呼吸道症状的患者，应做好患者信息登记，在1小时内上报到所在地卫生健康部门。
询问并登记患者的姓名、性别、身份证件号、手机号、居住地址、紧急联系人及联系方式等基本信息。
询问并记录发热前14天内患者的旅行史或居住史、与其他发热或有呼吸道症状患者的接触史、生活或工作场所的聚集性发病史。疫情期间还包括重点地区旅行史或居住史、与确诊病人的接触史。
询问患者临床表现，包括发热和呼吸道症状、发病时间、鉴别诊断症状等。
5、做好诊室消毒工作
及时安排相关人员对诊室及相关区域进行终末消毒。
室内：每日定时做好消毒工作，加强物表消毒、诊疗环境通风，有条件的做好空气消毒。
接诊：严格执行就诊患者管理，落实“一人一诊一室”。引导群众有序就诊，避免扎堆及患者二次集聚。
个人：医生自己要做好防护，应佩戴医用外科口罩、穿工作服、戴工作帽，规范落实手卫生等。
6、规范管理和使用消毒产品
有关机构消毒这块工作，必须做到这些：
规范购进和使用合格的消毒产品。
按照消毒产品配比比例进行有效消毒。
杜绝使用过期消毒产品。
及时进行有效消毒。
规范储存消毒产品。
合理处置过期消毒产品等。
7、做好医疗废物分类放置
在各地专项检查中，有一项检查重点就是医疗废物储存问题。
医疗废物暂存处要上锁，设警示标示。医疗废物应当按照类别分置于专用包装物或者容器内，由医疗废物集中处置单位或上级医疗卫生机构集中处置，盛放医疗废物的包装物或容器应当有警示标识、中文标签。