为了使勘查工作有条不紊、逐渐深入、全面系统的有序进行，供水水文地质勘查一般是分阶段进行的，不同阶段有不同的目的、任务、工作内容和侧重点，所提交的成果和精度也不同。
不同供水种类对勘查阶段的划分略有不同，不同勘查部门也制定有不同的勘查规范，但划分阶段的基本原则是相同的，只是具体要求有所不同。下面对城镇及工矿企业供水和农田供水勘查阶段的划分及工作要求作简要介绍。
（一）城镇及工矿企业大、中型供水水文地质勘查阶段的划分
2001年国家建设部等部门制定颁发的国家标准《供水水文地质勘察规范》（GB50027-2001）为现行规范，该规范把供水水文地质勘查工作划分为以下四个勘查阶段。
（1）普查阶段（相应于规划或厂址选择阶段或前期论证阶段）：本阶段的主要任务是初步查明城镇或预定厂址附近的区域水文地质条件，提出有无满足城镇或厂矿设计需水量的可能性，以作为城镇规划设计或厂址选择比较条件之一。本阶段的主要工作是，在可能满足设计需水量要求的范围内（一般为一个完整的水文地质单元或更大范围），进行中等比例尺（1：10万～1：5万）的水文地质测绘，并配合少量勘探、试验工作，着重查明区域地下水的类型、埋藏分布与形成条件，可供开采的含水层位和可能的富水地段，并对含水系统的分布范围，补给条件，水量、水质有初步了解，为城镇规划、建设项目的总体设计或厂址选择提供依据和所需水文地质资料，并为解决后期勘查阶段所遇到的某些专门性问题提供区域性水文地质资料。
（2）详查阶段（相应于初步设计阶段）：在普查阶段所选定的几个可能的地下水水源地或富水地段范围内，通过大中比例尺（1：5万～1：2.5万）的水文地质测绘，在可能的富水地段上投入一定数量的勘探、试验工作和短期地下水动态观测工作，查明拟选水源地或有利地段的水文地质条件，初步评价地下水资源，进行水源地方案比较，选择最合适的水源地方案。
（3）勘探阶段（相应于详细设计阶段）：在已经详查选定的水源地地段上，进行必要的大比例尺（1：2.5万～1：1万）水文地质测绘，投入大量的勘探和试验工作，并进行较长时期（不少于一年）的地下水动态观测工作，详细查明开采含水层的埋藏分布与边界条件，含水层的储水性能及其他水文地质参数，进而对含水层的水量、水质、开采条件作出准确评价，提出合理开采方案，提供取水工程详细设计所需的水文地质资料，为水源地施工图设计提供依据。
（4）开采阶段：多数大型取水工程投产后，为保证其正常运转，或为解决因大量取水而引起的各种环境地质问题，或为进一步扩大开采量等，皆需进一步进行水文地质勘查研究工作。本阶段的主要工作是在整理和分析已有开采动态观测资料的基础上，补充必要的勘探和进行一些专门性的试验工作，对地下水资源作出进一步的准确评价。根据需要提出调整地下水开采方案及水资源的保护措施，查明水源地扩大开采的可能性，或研究水量减少、水质恶化和不良工程地质现象等发生的原因，验证地下水的允许开采量，为合理开采和保护地下水资源，为水源地的改、扩建设计提供依据，在条件具备时，建立地下水资源管理模型及数据库，并逐步开展地下水资源的管理工作。
（二）农田供水水文地质勘查阶段的划分
农田供水水文地质勘查阶段的划分，目前尚无统一的规定。参照生产部门的实际作法，一般分为三个阶段。
（1）普查阶段（或称区域水文地质勘查阶段）。主要工作是进行中小比例尺（1：20～1：10万）的水文地质测绘，收集已有水井的勘探、试验及开采动态资料，辅以少量控制性的勘探、试验工作，进而查明区域水文地质条件，概略评价区域地下水资源，为大区域（某个流域或较大自然单元，或省、地级行政区）的农田水利规划提供水文地质依据，评价地下水开发利用前景。
（2）详查阶段（或称详细勘查阶段）。主要工作是进行中等比例尺（1：5 万～1：2.5万）的水文地质测绘，并投入较多的勘探、试验工作，进行较长期（不少于一年）的、全面的地下水动态观测，在详细查明地区水文地质条件的基础上，对地下水资源作出比较可靠的评价，为某一地区地下水开发设计和县、区一级的农田水利规划提供水文地质依据。
（3）开采阶段。主要工作是进行地下水动态观测工作，整理分析已有地下水开采资料，解决地下水开采过程中出现的各种问题，并进一步对地下水资源进行评价，预报地下水开采动态的变化趋势，及时提出防止地下水资源枯竭、水质恶化和地下水资源保护与管理的措施。
对于分散小型供水工程，除个别需水量较大、水文地质条件又较复杂的供水工程需分阶段进行水文地质勘查外，一般均可采用探采结合的方式进行，不必硬性地划分几个阶段。但是，对开采动态的监测工作仍然是不可缺少的。
正确地划分勘查阶段，是关系到能否合理布置勘查工作量，迅速而有效地完成勘查任务的重要问题。阶段的划分与确定，不能过于死板，应视具体情况灵活运用，阶段的划分、合并、简化和超越，都必须符合多、快、好、省的基本原则。