魏文通与秦琼的立场不同，所以最后魏文通被秦琼杀了。
秦琼在当时可以说是一个非常有名的人，许多人都听说过他的名字，所以魏文通对秦琼这个人也是有所了解的，而且秦琼的身世也是比较显赫的那种，这使得魏文通更加喜欢秦琼。后来秦琼背叛了杨林，不想再继续待在杨林当时所镇守的地方，希望自己可以逃走，这时候秦琼就去了魏文通的地盘上，给魏文通送去了许多很好的东西，希望以此可以贿赂魏文通，魏文通当时当时的处境是不能帮助秦琼的，但是他却把秦琼送他的东西全部照单全收，并没有还给秦琼，而且也没有帮助秦琼做成任何事。
杨林知道了秦琼背叛自己的事，就命令魏文通去抓秦琼，魏文通收了秦琼的东西，后来又反过来去抓秦琼。他很快就追上了逃跑的秦琼，他们两个人交过手之后，秦琼才发现自己根本就不是魏文通的对手，因此他只能一直逃跑。
后来秦琼成为了瓦岗寨的人，魏文通率兵去讨伐，秦琼此时就出去抵御，当秦琼看到对手是魏文通的时候就觉得非常害怕，因为他不是魏文通的对手，他觉得如果按照这样一直打下去的，最后输得肯定是自己。他们两个交战了好几个回合以后，秦琼就落荒而逃了，但是这时王伯当出来了，趁着魏文通不注意就用暗箭伤了他，这时秦琼立马出来，将魏文通杀了。
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