矮牵牛是遗传转化研究最深入的花卉作物。目前对郁金香、吊兰、石蒜、百合、朱顶红、水仙、唐菖蒲、鸭趾草、花烛、花叶芋、石带兰、伽蓝菜、丝石竹、香石竹、罂粟、金鱼草、非洲菊、菊花、月季等花卉的遗传转化也有报道，部分花卉获得分子证据的转基因植株。但目前花卉遗传转化研究主要集中于矮牵牛、菊花、香石竹、唐菖蒲、郁金香、百合等重要花卉。
花卉遗传转化中涉及到的目的基因主要有以下种类：花色相关基因、花期相关基因、光温周期相关基因、形态相关基因、叶色相关基因、芳香相关基因、乙烯合成相关基因、抗性（包括抗寒、旱、热、病、虫、盐碱、除草剂及其他不利因子的性状）相关基因、光合色素基因、固氮基因、发光基因、性别控制基因等等。目前在花卉基因工程上成功利用的只有几种，如花色素合成相关基因（chalcone：synthase：，CHS，类黄酮合成的关键酶——苯基苯烯酮合成酶；反义CHS，anti-sense：chalcone：synthase基因）、形态建成基因、抗虫基因、抗除草剂基因（转抗除草剂的EPSP合成酶基因矮牵牛）、乙烯合成抑制基因等。
自1988年果树的基因遗传转化研究首先在核桃上取得突破，相继在核桃（美洲山核桃）、苹果、桃、洋李、葡萄、猕猴桃、甜橙、橙、柠檬、柑橘、芒果、木瓜、树番茄、草莓、梨、欧洲李、杏、樱桃、香蕉、树莓、西番莲、番木瓜等多种果树上获得了转化体或转基因植株。国内外众多学者对蔬菜作物的遗传转化进行了大量的工作，以番茄为代表的蔬菜作物基因工程研究取得了一系列重要进展。
目前获得转基因植株的蔬菜作物主要有：番茄、马铃薯、芹菜、胡萝卜、茴香、菊苣、生菜、甘蓝、花椰菜、青花菜、白菜、黄瓜、西葫芦、菜豆、鹰嘴豆、豌豆、芦笋、茄子等。涉及的园艺性状主要包括抗病、抗除草剂、抗虫、雄性不育、单性结实及果实的延熟保鲜等方面。