一些学者（如牛文元《理论地理学》）认为 理论地理学研究普遍遵循以下原则：
①地理系统的整体性原则。地理系统很好地体现了“整体大于部分之和”的概念，这是地理学综合性特征的概括。不揭示地理系统所具有的整体效应，就谈不上理论地理学的建立。
②地理要素的最小限制原则。从这个原则出发，可以有效地认识地理区域或地理环境诸要素的贡献能力的临界条件或容忍阈值，由此确定适宜的区域载荷量、区域生产潜力，以及地理系统的边界条件。
③地理现象在空间上的连续过渡原则。这成为所有地理学理论普遍遵循的原则之一，是由地球基本特性所决定的。由此去认识地域分异和地理空间内的分界，绝大多数必然是模糊的、不分明的和连续过渡的。这种客观存在的事实，不仅不会排斥研究者使用合理的、准确的、清晰的和严格的地理界限区分空间，而且它本身正好为精确的数学表达提供了广阔的前景。
④地理相似性与差异性的互补原则。在地理环境中，无限的差异性与相似性组成互为对立的一组事件。相似中孕育着差异，差异中包含着相似。以数量表达的形式，假定两种地理事件完全相似时的概率为1，绝对差异时的概率为0，则在地理空间或地理事实的相似性比较上，其实际概率总介于0～1之间，相似性的概率值越大，差异性概率值越小，反之亦然，二者之和恒等于 1。这种互补的、对应的概率特性，构成了一切区域空间比较或类型划分的基础。
⑤地理环境演变的趋稳性原则。由于各类地理要素之间的互相作用，对于地理环境的动态演变来说，总有一种趋稳的特性。当地理环境演变达到稳定态之后，只要输入条件中的扰动或各要素之间“流”的变化幅度在允许的范围之内，则该稳定态得以保持。一旦发生超越稳定态的许可范围的扰动或变化，则进入某种新的不稳态，经地理系统自我调节和自我适应，会在新的条件下达到新的稳定态。
⑥地理过程的震荡冠律原则。地理过程随时间的变化，在随机条件下，一般具有某种周期或循环的特性。依据此项原则，地理过程的模拟和趋势预测，才具备一定程度的合理性和可能性。
另外一些学者（例如王铮等《理论地理学概论》）认为把理论地理学理解为研究地理学整体规律只能使理论地理学流于空泛，成为哲学学科。理论地理学应该是研究具体的规律、环境或区域的模式以及地方学说的科学。因此理论地理学没有什么特殊的研究的原则，而是应该遵守一般的实证科学和规范科学的原则。与一般的科学不同，理论地理学基于地理学对地理事物的认识，即“直接依赖与地球表层并且相互之间存在着不可忽视的相互作用”，理论地理学研究的特殊原则只有一个“不可忽视地理事物的相互作用”，这种相互作用导致了地理学理论研究注重整体性和差异性，换言之，物理学研究常用的“隔离体”思想在理论地理学研究中不能被采用。
