转基因大豆油本身没有危害，但有潜在风险：
风险一在于，转基因大豆中含有农药，也就是除草剂草甘膦——国内又译为农达。国外明确报道，过高摄入量的草甘膦具有致子宫异常肥大、猪和牛发生异常高的流产率、致畸、致癌（论文可在美国医学论文库搜到）、严重肠胃炎等等一系列副作用。当然，农药都有副作用，关键还看摄入量。非转基因作物不耐草甘膦，会被低剂量草甘膦杀死，所以没有这个问题。
风险二在于，农业部对进口转基因大豆玉米中草甘膦含量不做限制，在农业部官网的子网站“转基因权威关注”上农业部有解释说，因为国内不种植转基因大豆和玉米，所以进口的也不用检测草甘膦。作为对比，欧盟、日本、美国等国对转基因等几百种（两百多到三百多种不等）农作物都做了草甘膦残留量限值，美国不但对转基因食品有限值，连饮用水中的草甘膦都有限值。于是，全球所有草甘膦超标的转基因玉米和大豆只能卖到中国来。
风险三在于，萃取大豆油时，不溶于水的草甘膦会在大豆油中富集。也就是说，大豆油中的草甘膦含量会比大豆中更高。但具体高到了什么程度是国家机密。有相关的官员人士私下披露约为2.5毫克/升，但此数据无旁证。
风险四与转基因无关，主要因为转基因大豆油属于低价食用油，所以全部用6号轻汽油浸出法生产，食用油中含有微量有毒的有正己烷——龙头企业牵头制定的国标中对食用油所含正己烷的限量值相对国外标准来说比较高。而压榨法生产的食用油无此问题。但这个问题与转基因无关。
上述4点风险是潜在的，没有任何的病理学统计——你就算得了病，也无法确认是转基因大豆油吃坏的。但退一步说，你得了肠胃炎之类的病，也不一定就是吃大豆油吃坏的。如果楼主担心这些潜在危害，在家少吃转基因大豆油吧。去饭店吃就没办法了。
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