抗菌兽药合理应用的基本原则是：
（1）有严格的适应证不同的抗菌兽药各有其不同的适应证。青霉素类、四环素类、酰胺醇类、红霉素等主要对革兰氏阳性菌引起的疾病，如猪丹毒、破伤风、炭疽、马腺疫、链球菌性炎症、败血症等有效；氨基糖苷类、酰胺醇类等对革兰氏阴性菌引起的疾病，如巴氏杆菌病、肠炎、泌尿道炎症的效果不错；耐酶青霉素对耐青霉素G金黄色葡萄球菌所引起的呼吸道感染、败血症为首选药物；庆大霉素、多黏菌素类等对绿脓杆菌引起的创面感染、尿路感染、肺炎、败血症等有效。磺胺类主要对大多数革兰氏阴性、阳性细菌如链球菌、肺炎球菌、沙门氏菌、化脓棒状杆菌等均有较高的抑制作用。
（2）选择合适的剂量和疗程抗菌兽药在使用时，一定要选择好所用的剂量和适宜的疗程。一般开始治疗时可选用较大剂量，使血液药物浓度达到较高程度后，再根据病情酌减剂量。药物的疗程可视疾病类型和患畜病况而定。急性感染的病例其疗程不宜过长，可在感染控制后3日左右停药。对于一些慢性感染的则应适当延长疗程，以巩固疗效。否则盲目加大使用剂量会造成药物和经济上的损失，还可使患畜产生不良反应。若用量不足或疗程过短，则起不到治疗作用而使细菌产生耐药性。
（3）联合应用的抗菌兽药之间可发生协同、累加或颉颃作用联合用药如果选择得好即可获得协同和累加作用，以提高疗效，减少抗菌药物用量、减小毒性反应；如果选择得不好则可能出现颉颃作用。所以，联合应用应选择最佳的药物联合。一般情况下应用两种抗菌兽药联合应用，特殊情况下选三种或三种以上的药物联合应用。但在联合用药时，应注意可能出现的配伍禁忌：
①在输液中，有些药物混合后常出现混浊、变色、沉淀及降低抗菌活性。如青霉素G不宜与四环素类、氨基糖苷类、多黏菌素E、两性霉素B、磺胺药钠盐及碳酸氢钠、氨基酸、维生素C、去甲肾上腺素、氯丙嗪等联合静脉注射。
②四环素类与多种药物都有配伍禁忌，适宜单独静脉注射给药。不宜与含铁、钙、铝、镁、铋等药物或饲料同服，因可形成不易溶解的复合体而影响吸收；也不宜与碳酸氢钠同服，因后者可使pH升高而降低其溶解度。
③两种药物合用时，会引起毒性加剧。如氨基糖苷类与头孢菌素类联合，可引起急性肾小管坏死；庆大霉素与速尿合用，会增强耳毒性等。
（4）要有明确的临床指征，避免滥用抗菌兽药根据临床的诊断、患畜的全身状况及感染的轻重选择合适的抗菌兽药，应注意以下几点：
①诊断为病毒病或已被病毒感染者不宜应用。因一般抗菌兽药特别是抗生素都无抗病毒作用。
②患畜发热原因不明者不宜应用。因使用后可使病原微生物不易被检出，使临床表现不典型而影响正确诊断或延误及时治疗。
③尽量避免皮肤、黏膜等局部应用。防止发生过敏反应或引起耐药菌产生。
（5）意外情况的处理如发生过敏反应等意外情况，应沉着冷静，选用适合的药物来解救。
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