开腹手术，就是在女性腹部开一条口，再在卵巢处开一条小口，然后由医生从开口处，切除卵巢巧克力囊肿组织，待到全部囊肿组织取出完成之后，再对伤口进行缝合。
开腹手术对于医生的临床经验和专业水平要求极高，稍不留神，可能给患者造成更大的创伤，而且有些时候，因为开腹之后囊肿组织不是很好切除，可能需要切除卵巢或者子宫，才可达到完全摘除巧克力囊肿的效果。并且，患者在经历了开腹手术之后，也是需要比较长的恢复期的。同时，腹部的伤口会让患者留下不小的疤痕，影响美观。
在现在的医疗条件下，一般不建议患者朋友选择开腹手术，而是选择更为先进的腹腔镜下微创摘除巧克力囊肿手术，这对于患者的病情更有帮助。微创手术所需要的开口小，患者出血量少，对患者伤害小，恢复也更快，还能更大限度的保留患者卵巢和子宫的完整性，不论从哪个角度来说，微创手术都是巧克力囊肿患者的最好选择。
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