在洋务运动中，特别是在对待外国侵略者的态度上，左宗棠逐步从洋务派中分离出来，而和曾国藩、李鸿章有明显的区别。同治九年(1870年)，天津教案发生，清政府派曾国藩去处理。曾国藩明知教案是因为教堂诱拐儿童，激起天津人民公愤，才击毙法国驻天津领事丰大业引起的。但曾国藩却认为如秉公处理，怕“将来构怨兴兵”，而致“激成大变”。所以，曾国藩为讨好洋人，一到天津就“缉拿凶手”，下令“严戒滋事”。曾国藩到处乱抓，真正的“凶手”抓不到，就随便抓些无辜百姓，通过刑讯逼供，弄假成真。几天之间，曾国藩一共抓了八十人，按照外国侵略者的意旨，“拟正法者十五名，军流四人，拟办徒罪者十七人，共计可科轻罪者二十一名”。其余的留第二批处理。对待天津教案处理办法，李鸿章和左宗棠持有不同的态度。李鸿章知道曾国藩的处理办法后，竟在一件函稿中说，闻“已有可正法者十余人，议罪二十余人，固觉喜出望外”。
而左宗棠在天津教案发生后，他在给清廷的一份复函中就态度鲜明地指出：“法国教主，多半匪徒，其安分不妄归者，实不多见。”当他知道曾国藩在天津教案结案时，“共得正法之犯二十人，军徒各犯二十五人”，并赔款白银十万两时，他指责曾国藩“数年以来，空言自强，稍有变态，即不免为所震撼”。这里说的“空言自强”包括对李鸿章的嘲笑，空喊自强，在侵略者进行威胁时，则不免顺从地按照侵略者的意愿，屠杀自己的同胞。
对天津教案的看法表现出左宗棠的爱国主义思想，同时也反映了他同曾国藩、李鸿章在对待外国侵略者的态度上是不一样的。天津教案后不久，同治十一年（1872年），曾国藩病死于两江总督任所。此后，左宗棠和李鸿章的矛盾便更加突出了，其分歧主要集中在对“海防”和“塞防”的看法上以及是否从阿古柏手中收回新疆。这个争论双方立场鲜明，针锋相对，持续的时间也比较长。
从19世纪60年代后期开始，外国侵略者开始蚕食我国边疆领土，日本开始侵略台湾，英国侵略云南，俄国染指新疆。同治四年（1865年）浩罕国军人阿古柏率兵入侵新疆，在新疆建立哲德沙尔汗国，俄国也乘机出兵占领伊犁，新疆形势处在危急之中。同治十二年（1873年）左宗棠镇压肃州回民起义时，其中有个叫白彦虎的，原是回民起义的动摇派，他见左宗棠出兵肃州即率部数千西入新疆，投降阿古柏，这样就使新疆的局势更加复杂。
面对上述情况，清廷内部一部分大臣纷纷要求政府迅速制定有关新疆的决策。李鸿章自命为“洋务涉历颇久，闻见稍广，于彼已长短情之处，知之较深”。他主张把用兵新疆的饷款，移作海防费用。他认为国防重点在海防，而不在新疆边防。当时李鸿章企图通过海防建设，控制北洋水师，一再强调加强海防的重要性，要求集中人力财力建设海防。李鸿章认为，如果进兵新疆就会损害和英、俄侵略者的“和局”。英国侵略者看到李鸿章的态度，便大造舆论，散布阿古柏已归属土耳其，并与英、俄订有条约，中国不能过问。李鸿章在这个问题上，完全站在侵略者的立场上，胡说乾隆年间戡定新疆只徒收数千里之旷地，增加千百年之漏卮，很不合算。所以，他请求清廷命令西征将领就地守住边界，不必要进取。李鸿章赤裸裸地上奏清廷，胡说：“新疆不复，于肢体之元气无伤。”言下之意，新疆可以拱手让给外国侵略者，真是一副卖国贼的嘴脸。
左宗棠闻知李鸿章的上述意见之后，十分愤慨，他上书清廷，针锋相对地提出：新疆是我国领土的一个整体，“重新疆者，所以保蒙古……西北臂指相联，形势完整”。他认为当时海上并无构兵之衅，而收复新疆却是燃眉之急，西征饷银绝不能减少。左宗棠对新疆做了认真的调查研究，对白彦虎、阿古柏所部的兵力做了认真分析，向清廷报告，指出敌军“能战之贼，至多不过数千而止”。他还认为，出兵新疆俄国不会出兵帮助阿古柏、白彦虎与我为敌的，设若他们冒险行动也不会得到多少好处的。后来的军事行动，说明左宗棠的判断是正确的。乌鲁木齐是新疆最重要的军事要地之一，左宗棠坚持首先收复乌鲁木齐，然后根据形势再决定是否收复南疆八城。这个策略容易取得清政权的支持，当时清政府虽然腐败，但也绝不会看着新疆任侵略者肢解而无动于衷的。况且，一旦收复乌鲁木齐，便会给清廷注进一针强心剂，增强其收复疆土的信心，这样，从而下决心支持左宗棠收复全疆的主张。
在“海防”和“塞防”上，左宗棠主张并重，他并不反对加强海防建设，但他坚决反对李鸿章弃新疆于不顾的卖国主张。他对李鸿章上奏朝廷要求西征军“停兵撤饷”非常恼火，说如果按照李鸿章撤西防、裕东饷（海防饷款）的主张，那么，新疆必然要“折入俄边”，而我国便会断送这块富饶的疆土。“海防”“塞防”之争，左宗棠是站在爱国主义的立场上，而李鸿章则为了扩大自己的势力，强调海防建设，甚至主张放弃新疆也在所不惜，完全是一种卖国主义的思想主张。有人认为，左、李之争，兼有湘系和淮系的矛盾所然，但这并非问题的实质。左、李在这个阶段的矛盾，其中关键性的分歧是要不要收复新疆，这是一个原则性的分歧，不能笼统称之为湘、淮两系的矛盾。