在洋务运动中,特别是在对待外国侵略者的态度上,左宗棠逐步从洋务派中分离出来,而和曾国藩、李鸿章有明显的区别。同治九年(1870年),天津教案发生,清政府派曾国藩去处理。曾国藩明知教案是因为教堂诱拐儿童,激起天津人民公愤,才击毙法国驻天津领事丰大业引起的。但曾国藩却认为如秉公处理,怕“将来构怨兴兵”,而致“激成大变”。所以,曾国藩为讨好洋人,一到天津就“缉拿凶手”,下令“严戒滋事”。曾国藩到处乱抓,真正的“凶手”抓不到,就随便抓些无辜百姓,通过刑讯逼供,弄假成真。几天之间,曾国藩一共抓了八十人,按照外国侵略者的意旨,“拟正法者十五名,军流四人,拟办徒罪者十七人,共计可科轻罪者二十一名”。其余的留第二批处理。对待天津教案处理办法,李鸿章和左宗棠持有不同的态度。李鸿章知道曾国藩的处理办法后,竟在一件函稿中说,闻“已有可正法者十余人,议罪二十余人,固觉喜出望外”。
而左宗棠在天津教案发生后,他在给清廷的一份复函中就态度鲜明地指出:“法国教主,多半匪徒,其安分不妄归者,实不多见。”当他知道曾国藩在天津教案结案时,“共得正法之犯二十人,军徒各犯二十五人”,并赔款白银十万两时,他指责曾国藩“数年以来,空言自强,稍有变态,即不免为所震撼”。这里说的“空言自强”包括对李鸿章的嘲笑,空喊自强,在侵略者进行威胁时,则不免顺从地按照侵略者的意愿,屠杀自己的同胞。
对天津教案的看法表现出左宗棠的爱国主义思想,同时也反映了他同曾国藩、李鸿章在对待外国侵略者的态度上是不一样的。天津教案后不久,同治十一年(1872年),曾国藩病死于两江总督任所。此后,左宗棠和李鸿章的矛盾便更加突出了,其分歧主要集中在对“海防”和“塞防”的看法上以及是否从阿古柏手中收回新疆。这个争论双方立场鲜明,针锋相对,持续的时间也比较长。
从19世纪60年代后期开始,外国侵略者开始蚕食我国边疆领土,日本开始侵略台湾,英国侵略云南,俄国染指新疆。同治四年(1865年)浩罕国军人阿古柏率兵入侵新疆,在新疆建立哲德沙尔汗国,俄国也乘机出兵占领伊犁,新疆形势处在危急之中。同治十二年(1873年)左宗棠镇压肃州回民起义时,其中有个叫白彦虎的,原是回民起义的动摇派,他见左宗棠出兵肃州即率部数千西入新疆,投降阿古柏,这样就使新疆的局势更加复杂。
面对上述情况,清廷内部一部分大臣纷纷要求政府迅速制定有关新疆的决策。李鸿章自命为“洋务涉历颇久,闻见稍广,于彼已长短情之处,知之较深”。他主张把用兵新疆的饷款,移作海防费用。他认为国防重点在海防,而不在新疆边防。当时李鸿章企图通过海防建设,控制北洋水师,一再强调加强海防的重要性,要求集中人力财力建设海防。李鸿章认为,如果进兵新疆就会损害和英、俄侵略者的“和局”。英国侵略者看到李鸿章的态度,便大造舆论,散布阿古柏已归属土耳其,并与英、俄订有条约,中国不能过问。李鸿章在这个问题上,完全站在侵略者的立场上,胡说乾隆年间戡定新疆只徒收数千里之旷地,增加千百年之漏卮,很不合算。所以,他请求清廷命令西征将领就地守住边界,不必要进取。李鸿章赤裸裸地上奏清廷,胡说:“新疆不复,于肢体之元气无伤。”言下之意,新疆可以拱手让给外国侵略者,真是一副卖国贼的嘴脸。
左宗棠闻知李鸿章的上述意见之后,十分愤慨,他上书清廷,针锋相对地提出:新疆是我国领土的一个整体,“重新疆者,所以保蒙古……西北臂指相联,形势完整”。他认为当时海上并无构兵之衅,而收复新疆却是燃眉之急,西征饷银绝不能减少。左宗棠对新疆做了认真的调查研究,对白彦虎、阿古柏所部的兵力做了认真分析,向清廷报告,指出敌军“能战之贼,至多不过数千而止”。他还认为,出兵新疆俄国不会出兵帮助阿古柏、白彦虎与我为敌的,设若他们冒险行动也不会得到多少好处的。后来的军事行动,说明左宗棠的判断是正确的。乌鲁木齐是新疆最重要的军事要地之一,左宗棠坚持首先收复乌鲁木齐,然后根据形势再决定是否收复南疆八城。这个策略容易取得清政权的支持,当时清政府虽然腐败,但也绝不会看着新疆任侵略者肢解而无动于衷的。况且,一旦收复乌鲁木齐,便会给清廷注进一针强心剂,增强其收复疆土的信心,这样,从而下决心支持左宗棠收复全疆的主张。
在“海防”和“塞防”上,左宗棠主张并重,他并不反对加强海防建设,但他坚决反对李鸿章弃新疆于不顾的卖国主张。他对李鸿章上奏朝廷要求西征军“停兵撤饷”非常恼火,说如果按照李鸿章撤西防、裕东饷(海防饷款)的主张,那么,新疆必然要“折入俄边”,而我国便会断送这块富饶的疆土。“海防”“塞防”之争,左宗棠是站在爱国主义的立场上,而李鸿章则为了扩大自己的势力,强调海防建设,甚至主张放弃新疆也在所不惜,完全是一种卖国主义的思想主张。有人认为,左、李之争,兼有湘系和淮系的矛盾所然,但这并非问题的实质。左、李在这个阶段的矛盾,其中关键性的分歧是要不要收复新疆,这是一个原则性的分歧,不能笼统称之为湘、淮两系的矛盾。