南京为东吴、东晋、南朝（宋 、齐、梁、陈四朝）、南唐、明、太平天国、中华民国首都。
三国时称为建邺，是东吴的首都。
西晋避司马业讳，改名为建康，是东晋的首都。
南北朝时期，宋朝、齐朝、梁朝、陈朝皆以此城为都。南朝四朝首都，加之东吴、东晋首都，所以南京亦称六朝古都。
六朝以后为南唐国都。
朱元璋推翻元朝建立明朝后，南京为大明的首都。后明成祖迁都北京，南京亦为南都。
太平天国时期改为天京，为太平天国都。
孙中山领导辛亥革命推翻清朝后建立中华民国，南京被定为中国首都。
随着北洋政府的建立，由南京迁都北京。1927年北伐胜利后，复定都南京。（侵华战争期间1937年-1945年国民政府迁往重庆，重庆为临时首都-陪都）。1949年蒋介石所领导的国民政府撤退到台湾之前，中国首都均位于南京（理论上南京至今仍为中华民国的正式首都）。