根据上述职责，省商务厅内设24个职能处室。
（一）办公室
负责文电、会务、机要、档案等机关日常运转工作；承担信息、安全、保密、信访、政务公开等工作。
（二）人事教育处
负责厅机关、厅属单位的机构编制、人事管理、队伍建设、教育培训的管理工作；宏观管理厅属院校。
（三）综合处
组织拟订全省国内外贸易、经济合作和口岸的发展战略、规划；监测分析商务运行状况，研究商务运行和结构调整中的重大问题，提出相关政策建议；承担有关统计及信息发布工作；承担综合材料起草工作。
（四）政策法规处
起草有关地方性法规草案和规章；研究经济全球化、区域经济合作、现代市场体系和现代流通方式的发展趋势并提出对策建议；研究对外扩大开放、国内外贸易流通体制改革并就重大问题提出意见和建议；承担厅机关有关规范性文件的合法性审核工作；承办相关行政复议和行政应诉工作；承担反垄断相关工作。
（五）财务处
承担本厅归口的业务资金、专项基金等的具体使用和管理工作；编报预决算并下达预算；负责本厅的资产管理、机关财务和内部审计工作。
（六）市场秩序处（省生猪屠宰工作领导小组办公室）
牵头协调整顿和规范市场经济秩序的相关工作；推动商务领域信用建设，指导商业信用销售，建立市场诚信公共服务平台；参与组织打击侵犯知识产权、商业欺诈等工作；负责生猪屠宰管理工作。
（七）市场体系建设处
组织拟订健全规范市场体系的政策；推进流通标准化；牵头组织规范零售企业促销行为；指导大宗产品批发市场规划和城市商业网点规划、商业体系建设；推进农村市场和农产品流通体系建设；按有关规定对拍卖、典当、租赁、汽车流通和旧货流通行业等进行监督管理；指导报废汽车管理和老旧汽车更新工作。
（八）商贸服务管理处
承担批发、零售、餐饮、住宿等商贸服务业的行业管理；推动流通体制改革和连锁经营、商业特许经营、物流配送、电子商务等现代流通方式的发展；指导社区商业和商品会展业发展；提出促进商贸中小企业发展的政策和建议；指导流通领域节能降耗、再生资源回收工作；按有关规定对成品油流通进行监督管理。
（九）市场运行调节处（省茧丝绸协调办公室）
负责监测分析市场运行和重要商品供求状况；调查分析商品价格信息，进行市场预测预警和信息引导；承担建立健全生活必需品市场供应应急管理机制相关工作；承担重要消费品（肉类、食糖等）储备管理和市场调控的有关工作；承担酒类流通管理的相关工作和茧丝绸协调工作。
（十）对外贸易处
执行进出口商品管理办法和目录；承担重要工业品、原材料和重要农产品进出口总量计划的组织实施工作；编报进出口商品配额、关税配额年度计划并组织实施；执行进出口商品配额招标政策；指导交易会、洽谈会等贸易促进活动和出口基地等外贸促进体系建设；负责进出口企业经营资格备案工作。
（十一）出口加工区和加工贸易处
拟订并组织实施我省出口加工区及加工贸易的发展规划和政策；负责出口加工区的指导协调和审核、报批等工作；审批省属权限内加工贸易业务；核准企业加工贸易项下引进设备项目；引导加工贸易企业开拓国际市场，推进加工贸易转型升级。
（十二）服务贸易处
牵头拟订全省服务贸易发展规划；拟订技术贸易政策和促进服务出口规划、政策并组织实施；承担技术进出口管理、服务贸易促进和服务贸易统计工作。
（十三）机电和科技产业处（省机电产品进出口办公室）
拟订全省机电产品进出口、高新技术产品进出口、成套设备出口等相关政策；承担机电产品、高新技术产品贸易促进工作；负责执行国家出口管制政策；协调管理全省进口机电产品招标工作。
（十四）进出口公平贸易和产业损害调查处
负责涉及世贸组织规则的相关工作；组织协调反倾销、反补贴、保障措施及其他与进出口公平贸易相关工作；建立进出口公平贸易预警机制；指导协调国外对我省出口商品的反倾销、反补贴、保障措施的应诉及相关工作；承担产业损害调查工作；建立并完善产业损害预警机制，开展产业竞争力调查、产业安全应对与效果评估；指导协调产业安全应对工作。
（十五）外国投资管理处
拟订和执行利用外资的管理规章；研究外商投资情况并上报动态和建议；审核外商投资企业的设立及其变更事项、重大外商投资项目合同章程及其法律特别规定的重大变更；依法监督检查外商投资企业执行有关法律、法规、规章和合同章程的情况并协调解决有关问题；指导外商投资企业审批工作；建立健全外商投资企业的投诉、协调和督办工作制度，受理、协调、督办外商投资企业投诉的重大案件，指导和监督全省外商投资企业的投诉工作。
（十六）外国投资促进处（省人民政府开放型经济办公室）
参与拟订并组织实施利用外资的中长期规划；负责指导外商投资促进、招商引资工作；拟订利用外资重大招商计划并组织重大招商活动；协调推进外商投资重大项目；指导省内国家级经济技术开发区有关工作；会同有关方面拟订并组织实施促进服务外包发展的规划、政策，推动服务外包平台建设。
（十七）国内投资促进处
拟订利用省外资金政策和发展规划；负责利用省外资金重大招商活动的组织和落实，协调推进利用省外资金重大项目；研究利用省外资金情况并上报动态和建议；指导省政府驻外机构引进资金和经济协作业务工作。
（十八）投诉协调处
建立健全外省来赣投资企业的投诉协调和督办工作制度；受理、协调、督办外省来赣投资企业的投诉案件；为外省来赣投资企业提供投资政策咨询和协调服务。
（十九）区域经济合作处
负责对口支援规划和组织实施工作；参与区域经济合作的组织协调工作；负责外省驻赣商会、驻赣办事机构、赣商联合会和我省驻外商会、驻外办事机构的相关协调服务工作。
（二十）对外经济合作处（省对外经济联络办公室）
拟订和组织实施对外经济合作规划、政策；审核对外经济合作企业经营资格，指导和推进对外工程承包、外派劳务合作和设计咨询等对外经济合作业务；对赴敏感国家（地区）的承包工程、劳务合作、设计咨询项目进行登记备案；归口管理对外援助，负责接受国际多双边无偿援助业务；制定省内公民出境就业管理政策并组织实施；承担外派劳务和境外就业人员的权益保护相关工作。
（二十一）对外投资处
拟订和组织实施对外投资政策及管理规章；依法核准、推进省内企业在境外投资开办企业（金融企业除外）；负责对外直接投资统计工作。
（二十二）空港口岸管理处（省口岸管理办公室）
拟订和组织实施口岸发展规划、政策；负责航空、水运口岸（含作业区、特殊监管区等）的申报、建设、验收和管理；开辟国际国内航空、水运航线通道； 协调或仲裁相关部门之间的口岸事务，推动口岸文明共建。
（二十三）陆路口岸管理处
负责铁路、公路口岸（含作业区、特殊监管区等）的申报、建设、验收和管理；开辟铁海联运及公路口岸运输通道，发展口岸物流；推进口岸区域大通关合作；负责电子口岸的规划、建设工作。
（二十四）外事处
拟订厅外事工作制度；承担有关外事工作。
离退休干部处 负责机关离退休干部工作，指导厅属单位离退休干部工作。
直属机关党委 负责厅机关和厅属单位的党群工作。
纪检组（监察室） 为省纪委（省监察厅）的派驻机构。
