在查重时，如果论文中包含了正确的参考文献，那么这些参考文献部分通常会被视为合法的内容，而不会被视为重复或抄袭。但如果论文中引用的参考文献不正确或不完整，就可能会影响全文重复率。
我们在进行论文查重时，需要确保论文中的参考文献是正确和完整的，以避免被误认为重复或抄袭。同时，在引用参考文献时，也需要遵守学术规范，确保引用的合法性和准确性。
查重参考文献也被计入的原因可能有以下几点：
引用格式和标注问题：论文中的引用文献必须按照特定的格式进行编写，如脚注、尾注或直接在文中引用并给出文献来源。如果引用格式不规范，或者标注方式出现错误，查重系统可能无法正确识别这些部分，从而将其当作正文内容进行查重。
查重系统的限制：虽然大多数论文查重系统都具备识别参考文献的能力，但仍有一些系统可能无法正确识别。这可能是因为这些系统的技术限制，或者是因为参考文献的格式与系统的识别规则不符。在这种情况下，即使参考文献的格式完全正确，也可能被查重系统误判为重复内容。
用户操作问题：在进行查重时，用户需要正确设置查重参数，包括是否包含参考文献等。如果用户误操作，将参考文献部分也放入了待检测论文中，那么查重系统自然会对这部分内容进行查重。
学校和期刊的要求：不同的学校和期刊对论文查重的要求可能不同。有些学校或期刊可能要求将参考文献也纳入查重范围，以确保论文的原创性和学术诚信。
为了确保查重结果的准确性，建议作者在写作论文时，确保引用的格式正确，引用的内容适量，并仔细检查和调整查重系统的参数设置。同时，选择正规、权威的查重系统也是非常重要的。
为什么引用被算入论文查重中呢？首先，引用的滥用可能导致论文在学术上缺乏原创性。研究生毕业论文要求独立思考和创新，而过多地依赖他人观点会使论文失去独特性和独立性。如果论文中引用的内容过多或者来源集中，可能会引起查重系统的警觉，并误判为抄袭行为。
其次，引用的滥用也可能加大论文重复率。如果论文中引用的内容没有加以修改或者加入了一些其他的文字，可能会导致查重系统认为论文中存在大量的重复内容。这可能是学术诚信的一种表现，也可能是作者对所引用内容的理解不深入导致。不管是哪种情况，引用被算入论文查重中能够提醒作者需要进一步完善和修改自己的论文，以确保论文的独立性和原创性。
最后，引用被算入论文查重中也是对学术诚信的一种保障。通过引用他人观点和研究成果，作者可以证明自己的论文来源准确、可信，并且充分尊重他人的学术贡献。这种在论文查重中考虑引用的行为，可以促使作者更加注重学术诚信，减少抄袭和盗用他人成果的可能性。
综上所述，引用被算入论文查重中是有其合理之处的。它可以促使研究生作者更加重视自己论文的原创性和学术诚信，避免滥用引用和抄袭他人成果的行为。对于研究生来说，学术诚信是其学术生涯中不可或缺的一部分，而论文查重作为评估学术诚信的工具之一，为研究生的学术发展提供了有效的监管和引导。