一、功能的发展
东京BigWing：形成了三代最基本的系统。并且出现由飞机随机引发的特殊状况。
冲绳BlueCorridor：加入了盘旋待机的功能，但是取消了在选择进场航线时直接联系塔台的选项。
大阪Parallelcontact：出现TBA事故。
香港启德国际机场：加入特有的变更跑道功能，在停止滑行时可以换起飞跑道（能换跑道其实是因为启德风向变换很快，要注意）。同时加入了云层的景色。
仙台Airmanship：恢复一代中的减速功能；不设“许可颁发(Delivery)”频道，此频道的工作由地面管制频道负责；在雷达地图中加入风向标识；加入了特有的雾景。
新千岁Snowing Day：首次加入护航与编队飞行的代码，从此出现护航和编队飞行的场面，加入特有的雪天扫雪功能。
关空Cross Over：增加了visaul approach（目视进场）与单向高度控制（玩家只能指令起飞后的飞机向爬升方向指示，降落前的飞机向下降方向指示，已经完成上升/下降的飞机不能够重新下降/上升）；首次出现A330-300。
东京Dream Gateway：首次限制了在旧羽田中可供起降的跑道的使用（如正常情况下16L禁止降落(但是如果打上了16L跑道的开放补丁，则可以使用16L降落)，对于飞往不同目的地的飞机也有不同的对起飞跑道限制等）；首次出现B757-200
鹿儿岛Island Line：增加了离岛区的两个飞航情报区的区域管制频道（福冈ACC及那霸ACC），而且出现了双向高度管制（玩家可以指令飞机在不同的高度层中穿梭，不论是起飞后还是降落前的飞机，都可以反复指令爬升和下降）。
百里基地航空祭Barry Base Air Festival：出现了关于军机表演的一系列的控制，普通模式中部分关卡取消了压力值，改为了按照规定进行某种表演的奖励值。
檀香山火奴鲁鲁国际机场：首次出现B717-200、B767-400ER、Seawind300C水上飞机。
成田World Wings：添加了Ramp Control频道（机坪匝道管制）；首次出现A380-800、A340-300、B777-200ER、B777-300ER等新机型；取消了近场飞机A、B、C路线的选择，但增加了“迂回”选项以实现进场飞机的“超车”；增加了要求飞机以低、中、高三档不同速度滑行的滑行道；出现了3档速度控制。
成田Night Wings：首次加入了机场滑行道维护场景，首次加入了无拖杆式高速拖车（高速拖车的拖行速度相当于飞机滑行的“中速”，即使在低速滑行道上，也会比普通拖车拖行速度快些），并出现双组关卡排列，以A/B区分，每组4个关卡，且每组最后均有长结束动画；首次出现B787-8。
中部国际机场：首次出现B747-400LCF、B747-8F等大型货机；航展期间有B787、B747-8F、直升机及蓝色冲击飞行表演队等进行过场表演。
二、各个机场的特殊事件
东京BigWing：在第三关中，飞往大阪的波音777-300客机因为撞鸟而中途取消起飞（若不使用16L跑道则不会触发）,同是第三关一架ANA飞往能登的A320-300发生不明原因取消起飞(若不使用16L跑道则不会触发)【这是整个ATC系列游戏中仅有的两次由真实航空公司的飞机模拟的事故】；第六关中出现风切变，34L/R跑道关闭15分钟（只要不让航空局的飞机用34L/R跑道就不会触发，但是在安装了追加档ES1之后，航空局的飞机使用任何跑道均会触发该事件）；ANA专版中出现一架波音747-400D型客机撞鸟（ANA投拍影片Happy Flight中的情节）的事故；若安装星快车的外挂，航班将使用日语和英语广播。
冲绳BlueCorridor：第四关中奋进号航天飞机降落嘉手那空军基地，第五关中NASA的飞机前来载运在前一关中降落的奋进号；第六关中NASA的飞机将第四关降落的奋进号运回关岛，第一关会出现YS-11A、SAAB340等一些特殊的飞机，第四关中有一架TBA的B747-100和一架A300-600F采用背负式起飞的方式起飞，本关中会同时出现8架飞机发出请求的现象。
大阪Parallelcontact：第一关中一架TBA在移动时牵引车出现故障（若使用外侧滑行道则不会触发）；第二关第一架TBA会有乘客突发疾病随即返回停机坪，第二架TBA机体出现故障后返回停机坪；第三关一架TBA降落出跑道时滑入草坪（若使用W10出口则不会触发事故），另一架TBA起飞时进入错误的滑行道；第五关第一架TBA起飞后货仓着火需紧急五边降落，届时32L跑道临时关闭，第二架TBA在起飞滑跑过程中因一号引擎故障中止起飞；第六关第二架TBA飞机前起落架不能放下，届时会在塔台（Tower）频道进行报告，要求塔台确认机轮是否放下，第二架TBA降落时飞机倾斜漂移。
香港启德国际机场：独特的13跑道IGS进场；粤语的地勤对话及机场广播；部分航空公司的飞机会以旧涂装登场。
仙台Airmanship：航空大学校的飞机在本场进行Touch and Go（连续离着陆）训练；海上保安厅会出现直升飞机；东京飞来的国土交通省的飞机做跑道检查。
新千岁Snowing Day：第二、四、六关因为大雪出现的跑道关闭及扫雪车扫雪；航空自卫队训练；海上保安厅雪天出动 救援；第四关中会有不明国籍F-15接近政府专机的演习，演习结束后，航空自卫队的护航机飞走，政府专用机自动降落在18L跑道（无需给予着陆许可）；第六关美国总统乘坐空军一号访问北海道，届时只能降落在01L跑道，降落时必须给与降落许可，没有“着陆复行(重飞)”选项，就算是不给予“降落许可”，该机也会强制降落。而且在任何情况下都能正常降落（包括大雪导致跑道关闭）。
关空Cross Over：长荣航空使用普通话和英语广播，中国东方航空公司使用普通话、英语广播，韩亚航空使用韩语广播，国泰航空使用广东话和英语广播，若安装卡塔尔航空、阿联酋航空飞机的外挂，航班将使用阿拉伯语和英语广播；第五关海上保安厅在本场做touch and go训练；第四关有跑道检查车，并对06R/24L跑道进行驱鸟，届时跑道关闭。第五关有海上自卫队飞机进行touch and go训练，之后有架私人飞机因为剩余油量不足需要迫降。第六关大阪空港跑道封闭，飞往大阪空港的飞机全部进行回旋待机。
东京DreamGateway：中国东方航空使用普通话、英语和日语广播，长荣航空使用国语、台语、英语和日语广播，国泰航空使用广东话、英语和日语广播。第三关中一架TBA货机因为飞机过重机师不敢降落在22和23跑道并在允许降落后复飞，随后要求降落于16L跑道，这也是全游戏中唯一能使用16L跑道降落的情况（打了16L开放补丁除外）；第四关将出现大雾天气，有半小时的时间段会关闭除了34R以外的所有跑道（封锁时间在第一家飞机降落的过程中开始）。
鹿儿岛Island Line：JAC以旧涂装登场，RNAV最新航空路再现；第三关中，政府专机会降落鹿儿岛机场，随后又以相同的呼号换成小型飞机再次起飞，一架NCA的747货机因为货物太多而只能用T1出口；第四关中，有JAC飞机进行Touch and go和ILS训练，届时会因16号跑道不设ILS所以飞机只能进行go around（复飞指示）；第五关中有台风来临，除了第四层上的飞机，前往离岛的飞机也会因恶劣天气返回鹿儿岛机场；第六关中，在其他岛会有急患发生，届时P-3C和UH-60会从鹿屋航空基地出动，台风过后会有NCA的747来送救援物资。
百里基地航空祭Barry Base Air Festival：颠覆了以往的ATC3游戏模式，将能否合理地控制航空机进行飞行表演作为能否得分的关键,如果能在规定的时间内安排指定的飞机（队）进行规定项目的表演，则玩家的得分会成倍增长。
檀香山火奴鲁鲁国际机场：在初回限定关卡中会出现航天飞机降落08R/26L跑道；首次出现水上跑道，届时将会有水上飞机起降；4L跑道和8R跑道拥有独特的RNAV近场方式。
成田World Wings：ANA首次没有出现在日本机场；中国东方航空使用日语、国语（普通话）广播，中华航空、长荣航空使用日语、台语广播；第四关中，出现风切变，从原本可以用34L/R跑道，变为只能用16L/R跑道；第五关中，一架班机（墨西哥航空）降落后在浓雾中迷失方向，届时会出现引导车（FollowMe car），使用引导车引导飞机时，飞机在任何滑行道滑行时速度均为低速。
成田Night Wings：ANA重新回归日本机场；部分关卡会出现滑行道封闭维修，若有飞机误入则会直接导致游戏失败。
追加关卡1
东京羽田：第一关会有协和式超音速客机降落。第二关会有新航站楼停机坪的滑行实验；新离、近场航路的试飞飞机的出现，协和式超音速飞机的起飞。
大阪伊丹：第一关一架ANA飞机牵引至格纳库进行旧涂装改造。第二关有JAS旧涂装飞机。
追加关卡2
仙台：第一关有IBEX飞机进行Touch and go训练。
新千岁：第二关有自卫队飞机进行训练；第三关有美国空军一号起飞。
追加关卡3
关西：第一关有私人飞机紧急降落，24L/06R跑道进行驱鸟作业；第二关中部国际机场关闭；第三关大阪机场关闭。
鹿儿岛离岛管制：第一关有一架C172进行游览飞行；第二关有一架P-3C进行紧急移植器官运送，到达鹿儿岛后转到一架ANA的波音767紧急运送到东京；第三关有JAL的SAAB340和DHC-800进行touch and go和ILS受信训练。
