黄瓜病虫害较多，尤其是保护地栽培的迅猛发展，保护地内高温、高湿及封闭的小气候和常年重茬栽培，为病虫害的孳生繁衍提供了有利条件，使病虫危害日趋严重，成为制约黄瓜生产的主要因素。目前在黄瓜病虫害防治过程中过分依赖杀菌剂、杀虫剂的现象普遍存在，不仅造成农药污染，危害人们身体健康；更为严重的使导致病菌、害虫产生抗药性，使病虫防治难度增加，生产者的经济收入下降。因此，在黄瓜生产上应采用无公害病虫害综合防治技术，即“以农业防治为基础，生态防治为重点，有限采用生物防治、物理防治方法，科学合理使用化学防治”，充分发挥各种因素的自然控制作用，创造有利于蔬菜生长、不利于病虫危害的环境条件，增强植株的抗逆性，安全、经济、有效地控制病虫发生。
具体防治措施如下：
1、农业防治
⑴、选抗病虫良种。要根据当地病虫发生情况，选择适合当地生产的抗病、抗虫品种，是防治病虫流行的重要途径，也是最经济有效的方法。
⑵、科学选地，合理轮作。选择地势高燥、土壤肥沃、排灌方便的地块种植黄瓜；注意合理换茬轮作，避免重茬连作，可明显减轻多种病虫害的发生。
⑶、种子消毒。黄瓜种子是黄瓜细菌性角斑病、炭疽病、蔓枯病等多种病菌越冬、越夏的场所之一。有的寄生在种皮内，有的附着在种皮上，有的是混在种子中间。目前，温汤浸种、药液浸种、药剂拌种、干热处理等种子处理技术可有效消灭种子上携带的病菌。
⑷、培育无病壮苗。选用无病新土或粮田土育苗，苗床与生产棚室分开，清楚前茬作物病残体，施足基肥；采用无土栽培或快速育苗法，如营养钵、营养盘或者工厂化基质育苗法等，可有效控制苗期病害，显著提高壮苗率。另外，苗期管理要注意防寒保温，相对湿度控制在60%以下，创造不适于病害发生的环境条件，提高植株抗逆能力，可避免苗期病害的发生。
⑸使用嫁接育苗方法。用黑南瓜籽做砧木进行嫁接是防治枯萎病等土传病害的有效措施，同时可增强黄瓜耐低温能力，延长结瓜期，提高产量。
⑹加强栽培管理。采取高畦深沟、地膜覆盖栽培，合理施肥、科学浇水。整地时施足腐熟混匀的农家肥和磷、钾肥，生长前期根据植株长势控制肥水供应，后期加大肥水供应并追施叶面肥，保证植株生长健壮不早衰；同时定期喷施磷酸二氢钾，可有效提高植株的长势及抗病能力。浇水采用膜下滴灌或者膜下暗灌技术，切忌大水漫灌技术，浇水后及时封闭膜口，既能降低室内湿度，又能提高土壤湿度；苗期、连阴雨天及地温时应尽量控制浇水。加强田间检查，早期发现病株，及时清除杂草、病叶，并摘除植株下部老叶，可去除发病中心，有利于通风透光，减少生理病害；生产结束后彻底清洁田园，集中销毁残株落叶，以减少或消灭菌源和虫源。