公务员辞职被批准的情况下档案一般都是流入人才交流机构存放的，如果有接收单位，行政机关会把档案转交给接收单位。根据《中华人民共和国公务员法》的规定，公务员辞职，应当向任免机关递交书面申请。
一、公务员辞职批了档案怎么办? 经批准辞职的公务员，人事档案有接收单位的，由原单位将其档案转交接收单位。暂无接收单位的，将其档案转交当地政府人事部门所属的人才交流机构存放。档案的处理，用人单位对已经解除或者终止的劳动合同的文本，至少保存二年备查。
《中华人民共和国公务员法》
第八十五条
公务员辞去公职，应当向任免机关提出书面申请。任免机关应当自接到申请之日起三十日内予以审批，其中对领导成员辞去公职的申请，应当自接到申请之日起九十日内予以审批。
第八十六条 公务员有下列情形之一的，不得辞去公职:
(一)未满国家规定的最低服务年限的;
(二)在涉及国家秘密等特殊职位任职或者离开上述职位不满国家规定的脱密期限的;
(三)重要公务尚未处理完毕，且须由本人继续处理的;
(四)正在接受审计、纪律审查、监察调查，或者涉嫌犯罪，司法程序尚未终结的;
(五)法律、行政法规规定的其他不得辞去公职的情形。
第八十七条 担任领导职务的公务员，因工作变动依照法律规定需要辞去现任职务的，应当履行辞职手续。
担任领导职务的公务员，因个人或者其他原因，可以自愿提出辞去领导职务。
领导成员因工作严重失误、失职造成重大损失或者恶劣社会影响的，或者对重大事故负有领导责任的，应当引咎辞去领导职务。
领导成员因其他原因不再适合担任现任领导职务的，或者应当引咎辞职本人不提出辞职的，应当责令其辞去领导职务。
二、可以辞退公务员的情形有哪些? 《中华人民共和国公务员法》
第八十八条 公务员有下列情形之一的，予以辞退:
(一)在年度考核中，连续两年被确定为不称职的;
(二)不胜任现职工作，又不接受其他安排的;
(三)因所在机关调整、撤销、合并或者缩减编制员额需要调整工作，本人拒绝合理安排的;
(四)不履行公务员义务，不遵守法律和公务员纪律，经教育仍无转变，不适合继续在机关工作，又不宜给予开除处分的;
(五)旷工或者因公外出、请假期满无正当理由逾期不归连续超过十五天，或者一年内累计超过三十天的。
综上所述，公务员辞职以后的档案处理跟一般的劳动者都是一样的，并没有什么特别的规定。一般的公务员提出辞职申请以后任免机关会在30天之内进行审批，如果是领导成员审批的时间比较久，一般是90天之内。