最早一次，是出现在“每月一件礼物胁迫事件”中，露马脚的是当小兰对柯南说：“这么快就找到了，不愧是新一啊”而柯南答应了。解决方法是，柯南请阿莅博士用变声器模拟新一的声音给小兰打电话，柯南同时在小兰家里，使小兰认为柯南与新一是两个人；第二次，应该是“走头无路的名侦探，连续两大杀人事件”里，露马脚的原因是柯南睡觉时被小兰摘掉了眼睛，使小兰感到眼熟，同时小兰找到了10年前与新一和一位魔术师的合影，使小兰坚信柯南就是新一，变小的原因是吃了博士发明的怪药。当小兰把柯南领到新一家门口逼他招供时，新一的妈妈(有希子)出现了，有希子帮柯南撒了谎，使小兰信以为真了。第三次应该就是“危命的复活”系列中，当柯南受伤做手术需要输血时恰赶上医院血库里柯南血型的血用光了，小兰耗不犹豫地为柯南献血，而小兰知道她自己与新一是一个血型，这使得柯南感觉到小兰已看透他的真实身份，觉得瞒不下去了，正当柯南在平次的建议下打算把真相告诉小兰时，灰原告诉柯南这样会带来杀机，让他继续隐瞒。解决方法是，柯南吃了灰原参考白干成分开发的ATPX解药的实验品，变回新一，出现在小兰表演节目的舞台上，而灰原伪装成柯南，使新一、柯南同时出现在小兰面前，解除了小兰的疑惑。但实验品毕竟是实验品，还没等新一向小兰表白，他又变回了柯南最近一次，是“小兰的疑惑”中，发现新一的手机与柯南的手机一样，当小兰试图解开这个问题时，柯南用早已录好的新一声音的磁带给小兰打去电话，同时，柯南出现在小兰面前。
剧场版中，每一弹都有小兰把柯南看成新一的时候，尤其是第三弹(世纪末的魔术师)，小兰对柯南的推理、动作、语言产生了极大的怀疑，最后，小兰哭着对柯南说，“你就是新一吧”，柯南一筹莫展正要招供时，基德伪装成新一(基德与新一本身就像，因此不用大伪装)出现在小兰家里。基德之所以这样做，是为了报答柯南救鸽子之恩。
总之，故事中时刻都存在小兰的疑惑，故事的趋势就是小兰一直坚信柯南就是新一，但她想让柯南亲口告诉她而没有直接对柯南说。柯南逃脱的把戏，也只不过是变声器、电话、白干、伪装而已。
兰给柯南搓背,柯南流鼻血了是 027 小五郎同学会杀人事件(上集)
028 小五郎同学会杀人事件(下集)
096 走头无路的名侦探！连续两大杀人事件(特别篇)
柯南睡觉时被小兰摘掉了眼睛，使小兰感到眼熟，同时小兰找到了10年前与新一和一位魔术师的合影，使小兰坚信柯南就是新一，变小的原因是吃了博士发明的怪药。
解决方法是，当小兰把柯南领到新一家门口逼他招供时，新一的妈妈(有希子)出现了，有希子帮柯南撒了谎，使小兰信以为真了。
400 心存疑惑的小兰（回忆）
近期小兰越加怀疑柯南就是新一。柯南放在那里的手机被小兰给看到，她想从手机的邮件确认自己的怀疑。小兰在开机画面中发现手机被锁定了。正想解除密码暗号的时候，外面有汽车喇叭的相声，小兰看到那车的号码是46-49（yoroshiku），想起半年前与新一约会的事情…
172～173复活的死亡讯息（看了很多答案，都没有人提到这一集啊）
当小兰和园子问柯南会不会滑冰时，柯南假装摔倒，小兰觉得很假；案发时，柯南听到园子的尖叫，很快地溜向了案发地点，看着柯南溜冰的模样，兰再次产生了疑惑。
柯南并不知道兰开始怀疑他就是新一，因此也就没有什么所谓的解决方法。
http://www.tudou.com/programs/view/0HNH2VoLbV4/ 03：30～04：00 11：35～11：44
有两个兰的特写镜头，细细品品味，你就明白了
188 危命的复活 洞窟内的侦探团
189 危命的复活 负伤之下的名侦探
190 危命的复活 第三种选择
191 危命的复活 黑衣骑士
192 危命的复活 新一回来了
193 危命的复活 约定的场所
至于这个6集的危命的复活系列，个人认为兰已经在心中确认柯南就是新一，否则怎么一开始当毛利大叔建议兰和柯南一块洗澡，兰出现的一个惊慌失措？害羞？的特写镜头呢（以前一块洗的时候怎么没见过她有这种表情），及后来的兰毫不犹豫地为柯南献血事件呢？（这应该就是因为《复活的死亡讯息》中的疑惑所导致的结果吧）
解决方法是，哀给柯南制了临时解药，让他暂时变回新一，而自己用口罩型变声器变成柯南。
398～399奇妙一家的委托
400心存疑惑的兰
兰发短信给新一，但柯南的手机却在这适合想了起来，看着柯南一系列慌张的表情，兰再次怀疑柯南就是新一。
解决方法是，在之前柯南就把博士和自己一样的手机借来把手机链换了，让兰研究博士的手机，然后再用自己的手机打给兰，解决了兰的疑惑。
剧场版
第3部《世纪末的魔术师》
因为柯南说了自己的生日在5月4日，让兰联想到了新一，柯南在洞中救兰时，兰又感觉到了新一,所以怀疑他是新一。
解决方法是，当小兰哭着对柯南说，“你就是新一吧”，柯南一筹莫展正要招供时，基德伪装成新一(基德与新一本身就像，因此不用大伪装)出现在小兰家里。基德之所以这样做，是为了报答柯南救鸽子之恩。（个人认为这时的基德很多事）
参考资料：
http://zhidao.baidu.com/question/45790703.html?si=3096 走头无路的名侦探！连续两大杀人事件(特别篇)
柯南睡觉时被小兰摘掉了眼睛，使小兰感到眼熟，同时小兰找到了10年前与新一和一位魔术师的合影，使小兰坚信柯南就是新一，变小的原因是吃了博士发明的怪药。
解决方法是，当小兰把柯南领到新一家门口逼他招供时，新一的妈妈(有希子)出现了，有希子帮柯南撒了谎，使小兰信以为真了。
400 心存疑惑的小兰（回忆）
近期小兰越加怀疑柯南就是新一。柯南放在那里的手机被小兰给看到，她想从手机的邮件确认自己的怀疑。小兰在开机画面中发现手机被锁定了。正想解除密码暗号的时候，外面有汽车喇叭的相声，小兰看到那车的号码是46-49（yoroshiku），想起半年前与新一约会的事情…
172～173复活的死亡讯息（看了很多答案，都没有人提到这一集啊）
当小兰和园子问柯南会不会滑冰时，柯南假装摔倒，小兰觉得很假；案发时，柯南听到园子的尖叫，很快地溜向了案发地点，看着柯南溜冰的模样，兰再次产生了疑惑。
柯南并不知道兰开始怀疑他就是新一，因此也就没有什么所谓的解决方法。
http://www.tudou.com/programs/view/0HNH2VoLbV4/ 03：30～04：00 11：35～11：44
有两个兰的特写镜头，细细品品味，你就明白了
188 危命的复活 洞窟内的侦探团
189 危命的复活 负伤之下的名侦探
190 危命的复活 第三种选择
191 危命的复活 黑衣骑士
192 危命的复活 新一回来了
193 危命的复活 约定的场所
至于这个6集的危命的复活系列，个人认为兰已经在心中确认柯南就是新一，否则怎么一开始当毛利大叔建议兰和柯南一块洗澡，兰出现的一个惊慌失措？害羞？的特写镜头呢（以前一块洗的时候怎么没见过她有这种表情），及后来的兰毫不犹豫地为柯南献血事件呢？（这应该就是因为《复活的死亡讯息》中的疑惑所导致的结果吧）
解决方法是，哀给柯南制了临时解药，让他暂时变回新一，而自己用口罩型变声器变成柯南。
398～399奇妙一家的委托
400心存疑惑的兰
兰发短信给新一，但柯南的手机却在这适合想了起来，看着柯南一系列慌张的表情，兰再次怀疑柯南就是新一。
解决方法是，在之前柯南就把博士和自己一样的手机借来把手机链换了，让兰研究博士的手机，然后再用自己的手机打给兰，解决了兰的疑惑。
剧场版
第3部《世纪末的魔术师》
因为柯南说了自己的生日在5月4日，让兰联想到了新一，柯南在洞中救兰时，兰又感觉到了新一,所以怀疑他是新一。
解决方法是，当小兰哭着对柯南说，“你就是新一吧”，柯南一筹莫展正要招供时，基德伪装成新一(基德与新一本身就像，因此不用大伪装)出现在小兰家里。基德之所以这样做，是为了报答柯南救鸽子之恩。（个人认为这时的基德很多事）
参考资料：
http://zhidao.baidu.com/question/45790703.html?si=3