深圳市经费自理事业单位的预算管理有着明确的规定，旨在强化财务监管，提升资金使用效率。
首先，第一条强调了本规定的目的，即通过遵循《事业单位财务规则》和《深圳市部门预算准则》等相关法规，规范经费自理事业单位的预算收支行为，确保资金的有效利用，推动事业的健康发展。
第二条界定了经费自理事业单位的范围，这类单位通常依据自身收入支付正常开支，财政部门不额外提供经费，且其业务非以盈利为目的，且已由机构编制部门批准为自收自支单位。
对于预算管理，第三条规定了财政部门对收支的审核原则，鼓励增收节支，并在特殊情况，如政策性减收导致困难时，允许单位申请动用历年结余资金或使用前两年度结余来缓解压力，但补偿期限不超过两年。
第四条要求经费自理事业单位的所有收支活动必须纳入财政预算，严格遵守相关制度和财经纪律，接受主管部门和财政、审计部门的指导和监督。
第五条着重强调了银行账户管理，要求单位清理规范不符合规定的账户，并申请开设零余额账户进行规范化管理。
第六条强调了部门预算管理和财务机构的建设，经费自理事业单位需配备专门的财务人员，确保预算管理的实施。
最后，第七条明确了预算管理的领导和归口原则，主管部门对下属单位的预算管理有监督和管理责任，无上级主管的单位则由财政部门直接监管。