1）
紫外线照射法，采用的紫外线灯管随使用时间的增加而减退，因此杀菌能力不断减退；紫外线穿透力极弱，有死角，杀菌作用随着菌种不同而不同。灯管寿命短，运行费用高。
2）
氯气在杀死细菌的同时却与
尿素、有机物形成氯化胺及三卤甲烷(THM),而THM可能导致肺、肝及
中枢神经系统的癌变。
3）在空气中，臭氧快速自然分解氧气的特性，是臭氧用作消毒灭菌剂的独有特点。臭氧氧化灭菌过程中“多余的氧原子会自行重新结合成为普通氧分子（02），不存任何有毒残留物。如果用高浓度臭氧水消毒食物则不宜，因为缺少可靠的检测以确定不会产生新的危害。
4）
次氯酸钠消毒的机理主要是靠次氯酸钠分解出氧原子，因为氧原子有非常强的氧化性，与其它有毒物质发生
化学反应，再生成无毒或毒性较小的物质，这对
生物病毒或有机分子有毒物质效果比较明显，而对于重金属离子类的有毒物质的消毒效果就微乎其微了。
从消毒设备的发展趋势上看，选择一种更好的无毒无污染的方式更为理想化，所以臭氧消毒最效果理想。但每一种消毒剂不可能没有利弊的。从消毒能力上讲，臭氧和次氯酸钠都很好，但臭氧稍比次氯酸钠灭菌更快速一些，水质方面也没有太多的异味物质生成，不过作为液体的次氯酸钠又比臭氧更好管理一些，水质也能够充分保障达标。就设备所占空间大小来说两者都相差无几，只是次氯酸钠发生器比臭氧发生器多需要一两三平方米储存食盐的地方。从投资到设备使用来考虑，次氯酸钠发生器消毒就比臭氧更具有优势，投资较臭氧少得多，仅是臭氧的五分之一，设备运行更加稳定。采用次氯酸钠消毒的运行成本费稍比氯气高一些。根据英国所统计的一组数据表明，次氯酸钠同氯气成本相比大约为1.05 ：1。