1、用途不同：
专用条款是对通用条款的具体化、补充或修改，是必备的配套条款，不能缺少，否则通用条款和公路行业准专用合同条款就不完善。
通用条款是根据法律、行政法规规定及建设工程施工的需要订立，通用于建设工程施工的条款。
2、内容不同：
发包人认为需要进一步具体化的条款，或根据本地区特点或惯例需增列或删除的条款，例如优质工程的奖励条款、承包人人员、设备不到位时的违约处理办法条款等，也在专用合同条款列出。
通用条款是所有相同版本的建设工程施工合同共有的内容，专用条款是签订合同的双方针对合同项下的那个工程或者项目所作的有针对性的、不同于通用条款或者将通用条款予以细化的特别约定。
3、解释顺序不同：
专用条款的解释顺序优于通用条款，必须双方特别约定，才具有法律效力，否则不能作为结算依据；
项目专用合同条款是在通用合同条款和公路行业标准专用合同条款中明确指出要在专用条款或数据表中予以具体规定的数据、信息或与工程所在地具体情况有关的规定（如异常气候条件），项目专用条款数据表是合同条款的组成部分。
参考资料来源：百度百科-专用条款
参考资料来源：百度百科-通用条款
1、用途不同：
专用条款是对一般条款的具体化、补充或修改。这是一个必要的补充条款，不能缺少。否则，公路行业的通用条款和准专用合同条款将不完善。
通用条款是根据法律、行政法规和建设工程的需要制定的，在建设工程中通用。
2、内容不同：
承包商认为需要进一步规定的，或根据当地特点或做法需要增加或删除的规定，如优质工程奖励条款、承包商人员规定、设备不到位时处理违约的规定，也列在特殊合同条款。
一般条款是同一版本所有施工合同的共同内容。专用条款是指合同当事人就本合同项下的工程或项目所订立的与本通用条款不同或对本通用条款作了修改的专用协议。
3、解释不同：
特殊条款的解释顺序优于一般条款。只有经双方特别约定，才具有法律效力，否则不能作为和解的依据。
项目专用合同的条款在通用合同条款和公路行业专用合同的标准条款中有规定。项目专用条款数据表是合同条款和条件的组成部分，如异常气候条件，应在专用条款或数据表中予以规定。
参考资料来源：
本回答被网友采纳2、专用合同条款——由于每个工程（包括甲方的要求）是不同的，所以要有专用条款来进行约定；
3、专用合同条款是对通用合同条款的补充和细化，根据合同文件解释顺序，其效力高于通用条款；本回答被提问者和网友采纳
专用是根据具体合作特殊项目专门制定的