1、潘 菽 南京大学校长（1951-1957）
潘菽，我国现代心理学的奠基人之一，心理学家、教育家。我国现代心理学的奠基人之一，前期执教30年，培养了许多心理学人才。1955年以后，一直担任中国心理学会理事长和中国科学院心理研究所所长。致力于心理学基本理论问题的研究，提出了一系列深刻而独特的理论见解。对我国心理学的发展作出了重要贡献。
2、郭令智 南京大学代校长（1982-1984）
郭令智，地质学家，中国板块构造和地体构造研究的重要开拓者之一。1951年回国，任南京大学教授、南京大学地质系水文工程地质教研室主任。
1956-1978年任南京大学地质系区域地质教研室副主任、主任。1978年任南京大学校学术委员会委员。1982-1984年任南京大学副校长、代校长及校务委员会主任。1984年任南京大学顾问。曲钦岳 南京大学校长（1984-1997）
3、陈 懿 南京大学代校长（1996-1997）
陈懿，物理化学家和教育家。长期从事物理化学和多相催化的研究与教学工作。在氧化物相互作用和纳米非晶合金等研究领域取得了创造性的成果。
在物理化学教材建设和中国化学学科的教育改革等方面都做过富有成效的工作。陈懿于1955年毕业于南京大学化学系胶体化学专业，并留校任教随即参加物理化学课程和实验的教学。
他感到没有扎实的基础就不可能有进一步的发展。1957年参加了李方训教授主持的热力学经典名着的读书讨论和有关电解质溶液的研究工作。蒋树声 南京大学校长（1997-2006）
4、陈 骏 南京大学校长（2006-）
张异宾，祖籍山东茌平，1956年3月17日生于江苏南京。1981年8月毕业于南京大学哲学系。哲学博士。现任南京大学党委副书记，并为南京大学哲学系教授，博士研究生导师，哲学一级学科负责人，马克思主义一级学科负责人，国家重点学科马克思主义哲学专业负责人，国家优秀教学团队负责人。