审计档案管理应遵循我国档案工作的基本原则，即集中统一管理原则、完整与安全的原则和方便利用的原则。同时还应建立实行谁审计谁立卷、审结卷成、定期归档的现任制度；采取按职能分类、按项目立卷、按单位排列的立卷方法。按照立卷归档现任制要求，审计文件材料的收集、整理、立卷由审计组负责；审计案卷的质量检查由相关审计业务部门负责；审计案卷的接收由机关档案管理部门负责。
1．审计文件材料立卷管理
（1）审计文件材料立卷的原则
①归入审计案卷的文件材料必须是审计监督项目或审计调查项目实施过程中形成的专门性业务文件材料；
②审计文件材料的组合要遵循其形成规律和特点，保持内在的历史联系，区别不同价值，便于保管和利用；
③审计文件材料的排列要符合规范化要求，一般应分为“结论性文件材料”、“证明性文件材料”、“立项性文件材料”三个单元。
（2）审计文件材料立卷的基本要求
①为确保审计档案中文件材料的合法、有用、有效，在案卷内容上，要做到“完整”与“精练”。 “完整”是指每一个年度审结的审计项目和完成的调查项目案卷要收集齐全；每一项目所产生的审计文件材料要收集齐全；每一案卷内重要文件的各次稿本要收集齐全。
“精练”是指在立卷时要严格按照审计文件材料的保存价值决定取舍。审计文件材料与行政文件材料一般不得混合立卷或重复立卷。未经核实的或与审计事项无关的文件材料、不重要的文件修改稿不得归入审计案卷。
②为便于审计档案的安全保管和提供利用，要做到案卷封面整洁、书写规范，文件整齐有序、组装严密。
（3）审计文件材料的收集范围 凡记录和反映审计机关在履行审计监督或审计调查任务中直接形成的文件、笔录、证据、电报、信函的原件或复制件，照片、声像磁带、电脑软盘、光盘，以及与项目有关的其他文件材料，均属审计档案的收集范围。如，审计机关在执行审计监督和审计调查任务中，根据《审计法入《审计法实施条例》和《中国审计规范》制作和使用的各种审计公文；审计实施类文书；审计项目管理文件；审计项目往来文件；与审计项目有关的各种举报材料和其他有关文件。不归入审计档案的文件有：
①与具体审计项目无关的行政文书和审计综合管理性文件；
②未用作审计依据，或未经核实的证明性文件材料；
③审计所依据的法规、政策文件中无关的条款及其他参考材料；
④未经领导审签的文件草稿；
⑤其他不应归入审计档案的文件材料。
（4）审计文件材料的组卷方法
①审计文件材料的组合采用按职能分类，按项目立卷，按单元排列的基本方法。一个审计项目可立一个卷或几个卷，多卷项目在分卷时应防止割断卷内文件材料的联系性。一般情况下，不得把几个审计项目的文件材料合并为一个卷。
②跨年度的审计项目，在项目审计终结的年度立卷。
③行业审计项目的综合报告与子项目的审计结果报告合并立卷，各子项目的审计文件材料另行立卷。
④定期审计项目的总体审计方案与综合审计报告单独立卷，对定期审计范围内各被审计单位进行审计形成的文件材料另行立卷。
⑤建设项目预算、概算执行情况，年度决算、项目竣工决算和开、复工前审计均以项目为单位立卷。
⑥经济责任年度审计、期满审计或离任审计以项目为单位立卷。
⑦审计行政复议项目，由受理复议的审计机关按项目立卷。原审计机关收到的复议文件材料，可在审计案卷中设“第四单元”存入。审计行政应诉项目，由应诉审计机关单独立卷。
⑧专项审计调查项目，按项目立卷。
（5）审计案卷内文件材料的排列规则
①项目审计产生的文件材料，一般应按三个单元排列：结论性文件材料；证明性文件材料；立项性文件材料。
②各单元内每份或每组文件材料之间的排列规则是：正件在前，附件在后；定稿在前，修改稿在后；批复在前，请示在后；批示在前，报告在后；重要文件在前，次要文件在后；汇总性文件在前，原始性文件在后。
（6）审计文件材料的立卷程序
①审计方案经批准后，审计组应确定本项目立卷现任人，并提出明确要求。立卷现任人应备置专门卷夹，做好立卷准备工作。
②项目审计实施开始后，立卷责任人要随着审计程序各个环节的完成，及时收集本审计项目的文件材料，并认真检查每一份文件材料的内容、格式是否完整、合规，手续是否完备，字迹是否清晰。
③项目审计终结以后，立卷责任人要对本审计项目的全部文件材料进行系统地整理，进一步做好文件材料的鉴别和筛选工作，并按照规定进行排列。
④整理审计案卷如遇有个别审计文件材料与行政文件或审计综合管理文件在内容上相互交叉，难以划分时，应在保证审计档案完整的前提下确定取舍。必要时，可在审计档案和行政文书档案中“同时立卷”。
⑤对立卷责任人整理出的项目审计文件材料，由审计组长或相关业务部门负责进行检查，发现不符合要求之处，应责成立卷责任人进行补救。
⑥检查合格后，编写页号、卷内文件目录、填制备考表、书写案卷封面等； 此外，还要做好审计案卷装订工作和审计证物的处理工作。
2．审计文件材料归档管理
审计文件材料归档管理工作，主要包括归档存放、保管和利用等项工作。主要内容是：
（1）审计文件材料的归档，必须坚持以项目审计案卷为单位进行交换，无特殊情况，不得向档案部门移交单份文件材料。
（2）对准备归档的审计案卷，由相关审计业务部门在事先逐卷检查合格的基础上，登记造册，填写“审计档案移交清册”（一式两份人 由机关档案人员逐卷清点验收，移交人和接收人在清册上签字盖章。
（3）审计案卷的归档时间不得迟于该审计项目结束后次年六月底之前。
（4）对于不存入审计案卷但尚有参考价值的文件材料，可由业务部门自行保存和使用；确无价值的可经业务部门派专人审查后销毁。
（5）应当依据有关审计档案保管期限的规定进行审计档案的鉴定；应当按照审计案卷的保存价值确定审计档案的保管期限（永久、长期、短期）。
（6）在划完保管期限的基础上，按“年度一组织机构”或“年度一审计类别”的方法排列和编目。
（7）审计档案的密级和保密期限，按卷内文件的最高密级确定，并按有关规定做出标识。
（8）审计机关应按规定设置专用库房，建立健全保管制度，定期进行保管状况检查。
（9）积极开展审计档案的利用工作，借阅一般只限于审计机关内部。
（10）审计文件资料的销毁，对于失去使用价值的审计信息资料，应根据其重要性确定最短保管期限，到期销毁时应编造清册，报经审计组织主管负责人批准，同时销毁时应有专人监督，并将销毁情况报告负责人，并在档案中注销。
