秦日纲和他的贵县同乡石达开矛盾很深。金田起义时，贵县的最高上帝会领导人本来是石达开，但秦日纲却直属洪秀全，颇有“掺沙子”的意思；等定都天京后，石达开出镇安徽，政绩卓著，深得民心，杨秀清颇为忌惮，就派秦日纲去接任；田家镇、半壁山之战，秦日纲弄出个大大的烂摊子，迫使石达开费尽心力才转危为安；等到天京事变，虽然拿大主意的是韦昌辉，但直接杀人的却是秦日纲带领的亲兵，家破人亡的石达开对秦日纲的仇恨可想而知，而且秦杀了那么多无辜，论他死罪，原本理所当然。问题是，秦日纲只不过是一个工具，一颗棋子。
史书上常常说，秦日纲和杨秀清矛盾很深，他的车夫因为遇见杨秀清的同庚叔没有起立，被杨秀清抓住小辫子处死，秦日纲也被连累打了100大棍。问题是杨秀清这种做法并非罕见，就以本案而言，被连累的有陈承镕、黄玉琨，后者不但丢了侯爵，挨了板子，还差点自杀丧命；秦日纲曾被革爵、“为奴”，但仅仅《天父圣旨》上遭到同样处分的就有林启荣、曾钊扬、曾天皓等许多名臣名将，他们和秦日纲一样，有罪就革职，立了功就复职，秦日纲革爵不过半年多就重新爬上高位，得到重用，照理不该嫉恨。
秦日纲在出兵湖北时，曾主动编过一本《行军号令》，里面纪录的都是杨秀清的军事思想，后来杨秀清的写作班子就依照这本资料，编出了保存至今的《行军总要》；他在带兵打镇江、破江南江北大营时，对杨秀清同样言听计从。他的确奉命回城，杀死了杨秀清，但那是因为洪秀全让他这样做。前面已经提到，他和洪氏父子关系十分亲密，本人又如李秀成所言“忠勇信义”，洪秀全让他杀谁，他自然就会去杀谁。
现存《天父圣旨》卷三最后一则，是丙辰六年（1856）七月初九，杨秀清假托天父说“秦日纲帮妖，陈承镕帮妖，放煷烧朕城了矣，未有救矣”，18天后天京事变就爆发了，有人据此认为，杨秀清猜忌秦日纲，导致矛盾激化，但这本书是天京事变后多年才出版发行的，那时杨秀清、秦日纲都已死去，“总编”是洪秀全本人，这则记载与其说是事实，毋宁说是洪秀全希望的“事实”。套用后来人的说法，他这叫“犬忠”——要他咬谁就咬谁，要咬几口就几口。
