对于珊瑚礁来说人类是唯一的巨大威胁。尤其陆地上的污染和过渡捕捞对这些生态系统造成了严重威胁。船只了拖网造成的物理破坏也是一个问题。活鱼贸易导致了使用少量氰化物和其他化学药剂来捕捉小鱼的手段。此外气候现象如厄尔尼诺现象和全球变暖造成的过高的水温也会导致珊瑚白化。按照大自然保护协会的数据全球珊瑚礁破坏速度不断加快，在50年内全球70%的珊瑚礁会消失。对于生活在热带的人来说这个损失可能意味着一个大灾难。2003年修等写道：“随着人口的增长，以及运输和储存系统的发展，人类对珊瑚礁的影响的发展呈指数倍增长。比如对鱼和其他自然资源的市场需求全球化，对珊瑚礁资源的需求比对热带资源的需求的增长快得多。”
学者还在研究各种因素对珊瑚礁系统的影响。这些因素的列表很长，从海洋吸收二氧化碳开始，到大气层的变化、紫外线的影响、海洋酸化、病毒、沙暴将病菌带到远海珊瑚礁的可能性、不同的污染物等等。不但近海的珊瑚礁受到威胁，因此不仅陆上的发展和污染是一个问题。 土地使用过度或者管理不良均会威胁珊瑚礁。在过去20年中，过去大量在海岸出现的红树林由于造路、建筑工程、机场海港建筑、隧道建筑等被破坏。这些红树林能够吸收许多从陆地上流失的营养。从陆地上流失的营养在海水中会导致藻类和浮游生物的大量繁殖，形成赤潮。而珊瑚礁则需要营养少的海水，需要充分的阳光。大量的营养流入会破坏其生态系统内部的平衡。海岸湿地的丧失和赤潮是严重影响珊瑚礁所需要的水质的因素。
水质差的水似乎也促进珊瑚虫传染病的传播。
工业污染物中很常见的铜影响珊瑚虫的生长。 由于北美和欧洲对珊瑚礁观赏鱼的需求在印度洋-太平洋地区使用氰化物捕鱼的方法大增。世界上85%的观赏鱼是在这个地区捕取的，几乎所有这些鱼是使用氰化物捕取的。捕鱼人使用氰化物来麻醉鱼，然后可以轻易地捕取它们。使用这个手段捕鱼鱼的死亡率达90%。氰化物对珊瑚礁生态系统的破坏也很大，它杀死珊瑚虫和其他无脊椎动物。同时通过捕走对整个生态系统平衡必须的鱼本身就对珊瑚礁造成了威胁。有时捕鱼人还敲击珊瑚礁来惊吓鱼，让它们从缝隙中逃出来，或者破坏珊瑚礁来捕取藏在缝隙中的鱼。
贫困是促使氰化物捕鱼普及的重要原因。有些地区如菲律宾使用氰化物捕捉活鱼非常普及而且是合法的，而当地40%的人生活在贫困线以下。在这些发展中国家中捕鱼人只有依靠这样的手段才能养活自己和家人。
另一种对珊瑚礁破坏巨大的捕鱼方法是使用炸药捕鱼。捕鱼的人使用一个装有硝酸钾的瓶子。瓶子爆炸时在水下造成一个冲击波，导致鱼鳔破裂。之后鱼浮到水面上。捕鱼的人往往在第一次爆炸后再进行第二次爆炸来捕取被死鱼吸引来的食肉鱼。这个手段不但炸死许多小鱼而且还炸死许多生活在珊瑚礁里的其他生物，甚至于珊瑚礁本身。过去充满珊瑚的地方今天变成一片荒漠，没有一点珊瑚，就更不用说其他生活在珊瑚礁中的生物了。 在1998年和2004年的厄尔尼诺现象过程中海水水温超过了一般情况，许多珊瑚礁出现了白化的现象，有些死亡。此后部分离污染源远的地区的珊瑚礁获得恢复。但是也有些学者认为由于全球变暖造成的珊瑚礁的扩展会高于其死亡。有人甚至估计到2100年全球珊瑚礁的面积会比工业革命前增长35%。
关于珊瑚白化的原因以及全球变暖的影响在学术界还有很大的争议。 东南亚的珊瑚礁主要受到捕鱼（使用氰化物和炸药）、过量捕捞、泥沙沉积、污染和白化的威胁。通过教育、管理和设立海洋保护区的方式各个国家试图保护这些珊瑚礁。比如印度尼西亚拥有3.3万平方海里的珊瑚礁，占全世界的1/3，印度尼西亚1/4的鱼类生活在这些珊瑚礁内。这些珊瑚礁受到破坏性捕鱼、无管理的旅游业和由于气候变化导致的白化的破坏。2000年印度尼西亚414个珊瑚礁观察站提供的数据表明印尼仅6%的珊瑚礁处于完好的状态，24%处于良好状态，约70%处于恶劣至中等状态。
粗的估计全球约10%的珊瑚礁近乎死亡。威胁原因如上所述从捕鱼技术的环境影响直到海洋的酸化。珊瑚白化也是一个全球性的问题。 全球2,600名全球顶级海洋科学家发出警告：珊瑚礁正在全球范围内大面积减少。他们呼吁立即采取措施减缓气候变化以保护现存的珊瑚礁。
珊瑚礁是全球众多沿海居民食物的来源,并为他们创造了大量工作机会。作为旅游观光景点，带来了可观的收入；作为自然防波堤，珊瑚礁阻挡了海浪和飓风的侵入。
该警告是参加国际珊瑚礁专题论坛的专家联合发出的。专家们呼吁采取措施抑制由于海水温度升高、海水酸化、过度捕捞和污染而带来的不断扩大的危害。会议召集人特瑞?休格斯(Terry Hughes)认为：“我们现在还有很多机会去抑制气候变化，但是这些机会是稍纵即逝的。”另一位资深研究者杰瑞米?杰克森（Jeremy Jackson）表示，在过去的几十年内，全球的珊瑚礁消失十分严重。比如在加勒比海岸，过去35年之内损失了75%-85%的珊瑚礁。即使澳洲的大堡礁，作为全球保护最好的珊瑚礁，在过去50年内也折损了50%。
杰克森表示气候变化不止影响了珊瑚礁，同时还引起了许多其他自然问题，如干旱、农业歉收、海平面迅速提高等等，这些问题给社会带来了极大的隐患。“这些事实意味着有利于珊瑚礁的措施将对人类极其重要，人类应该清醒过来，认识到这一点。珊瑚礁的未来其实不仅仅涉及到海洋，更与人类生存紧密相关。”
其他的资深研究者也强调很多问题如不合理的土地发展方案、过度渔猎等等都需要引起重视。
根据此前发布的一份报告，当前亚洲珊瑚礁三角区85%的珊瑚礁受到人类活动的直接威胁，这些人类活动包括海岸开发、污染、过度捕鱼等等。亚洲珊瑚礁三角区涵盖印尼、马来西亚等众多区域，占全球珊瑚礁总量的30%，海域里一共生存着3,000多种鱼类。
国际礁石研究会的主席罗伯特?利奇蒙（Robert Richmond）德强调能够对当前数不清的问题达成统一的结论具有重要的意义，他还认为这有利于全球科学家联合起来寻找最佳解决方案。
“科学家们做的各种研究表明目前我们面临着问题。我们就象一名医生，但现在还是在诊断病情，并没有开出一个有效处方。我们必须更加积极地参与到解决这一问题的过程中，给政府官员们开出成功的药方。”
其形成是造礁珊瑚及其他造礁生物对生成礁的钙物质长期积累沉积的结果，由造礁珊瑚的石灰质遗骸和石灰质藻类堆积而成的一种礁石。世界上珊瑚礁多见于南北纬30°之间的海域中，尤以太平洋中、西部为多。按形态划分有：裾礁(岸礁)、堡礁、环礁、桌礁及一些过渡类型。珊瑚礁生长速度一般为每年2.5厘米左右。有些珊瑚礁厚度很大，系因珊瑚礁生长发育过程中礁基不断下沉或海面不断上升所致。
珊瑚虫是海洋中的一种腔肠动物在生长过程中能吸收海水中的钙和二氧化碳，然后分泌出石灰石，变为自己生存的外壳。每一个单体的珊瑚虫只有米粒那样大小，它们一群一群地聚居在一起，一代代地新陈代谢，生长繁衍，同时不断分泌出石灰石，并粘合在一起。这些石灰石经过以后的压实、石化，形成岛屿和礁石，也就是所谓的珊瑚礁。
珊瑚从古生代初期开始繁衍，一直延续至今，可作为划分地层、判断古气候、古地理的重要标志。珊瑚礁与地壳运动有关。正常情况下，珊瑚礁形成于低潮线以下50米浅的海域，高出海面者是地壳上升或海平面下降的反映；反之，则标志该处地壳下沉。本回答被网友采纳