唐朝
基督教 传入中国最早的确切记载是唐太宗贞观九年（ 635年 ），叙利亚僧人阿罗本到达长安 。阿罗本带来的是基督教的一个当时认为是 异端 的派别，来华后被称为景教 （聂思脱里派 ）。 会昌5年（845年）唐武宗笃信道教，下旨禁止佛教等宗教传播，至此基督教在中国终止了传播。
元朝与明朝
元朝时基督教又再次传入中国，又中断了。 1289年， 方济各会神父从欧洲来到中国。在北京和泉州等地发展了一批蒙古人和色目人入教。同时景教也与天主教竞争。(见也里可温教)。 1368年 ， 明朝建立时摧毁了所有外族色彩的事物，包括景教和天主教. 直到明朝万历十年（1582年）再度传入中国 。
- 明嘉靖十三 年（ 1552年 ）， 耶稣会的方济各·沙勿略神父到达中国广东的上川岛，但得不到进入大陆的许可，带着遗憾死在了岛上。后来 澳门的耶稣会 神父 范礼安 认识到在高文化的中国传教需要改变策略，于是他选择有学识的传教士，先在澳门训练学习北京话汉语，希望传教时可以得到中国官员的支持。
- 明朝 万历 十年（ 1582年 ）， 耶稣会 又派来一位精通天文和数学的利玛窦 ，他和罗明坚两名耶稣会神父是就是这种策略下首两名获准在中国长时间逗留的外国教士，于1583年首次进入中国。利玛窦成功在北京觐见皇帝，而且在士大夫中建立良好声誉和关系，开启了日后其他传教士进入中国之门。利玛窦可以说是基督教在中国传教的开创者之一。
利玛窦对中国传统的习俗保持宽容的态度。他容许中国的教徒继续传统的祭天、祭祖敬孔。据他的了解，这些只属尊敬祖先的仪式；只要不掺入祈求、崇拜等迷信成分，本质上并没有违反天主教教义。利玛窦主张以“天主”称呼天主教的“神”（英语的God或拉丁文的Deus）；但他亦认为天主教的“神”早已存在于中国的思想，因为中国传统的“天”和“上帝”本质上与天主教所说的“唯一真神”没有分别。利玛窦本人更穿着中国士人服饰。利玛窦的传教策略和方式，一直为之后跟随他到中国的耶稣会传教士所遵从，称为“利玛窦规矩”。
利玛窦等意大利传教士在中国取得了很大的成功。明代末帝的皇后在清军入关时曾写信准备皈依天主教并请求教皇支援（此信尚保存在梵蒂冈）。清朝康熙仍然重用意大利传教士。但后来欧洲其他天主教各教会之间对中国传统祭祖敬孔习俗的争论，削弱了利玛窦等人本已取得的成功。康熙时代，西班牙传教士为了在菲律宾和中国排挤意大利传教士，向教皇申诉并取得教皇敕令，宣称利玛窦等人允许中国教徒崇拜祖先违背了天主教教义，并派特使到中国晋见皇帝，态度骄横，和康熙争辩。康熙认为“天下没有不忠不孝的神仙”，说这个特使“不可理喻”，下令囚禁到澳门，使其病死狱中。从此，中国皇帝和罗马教廷关系急剧恶化，禁止了西班牙传教士在中国的活动，并进一步严格的实行了闭关锁国政策。而祭祖敬孔的禁令直到数百年后的1939年12月8日由教宗碧岳十二世（即庇护十二世）删除，这也侧面显示出了利玛窦对中国文化的了解。
清朝以后
1840年代鸦片战争后，中国被炮火打开国门，清政府被迫签订一系列不平等条约，基督教的传教活动亦被列入条约，传教士以此为护身符进入内地传教，基督教也随之进入中国。大批西方传教士以沿海通商口岸为基地迅速扩展基督教，建立教堂，同时也办立学校、医院、孤儿院等机构，基督教开始在中国获得了很多信徒。英国和美国宗派，如英国循道会，继续派遣传教士直到中华人民共和国成立后驱逐传教士。来自美国和英国的新教传教士在介绍中国方面的作用超过任何人。太平天国的起源就与传教活动有关。但部分中国人因为对基督教的不理解与对侵略者的仇恨，认为基督教是西方殖民主义者殖民统治的工具，认为基督教传福音是文化、宗教的侵略，引起他们的不满，把这些对侵略者的仇恨转化成对基督教、传教士的暴力行为。终于在1900年发生了义和团运动，多名传教士和基督徒遭到杀害。
由于基督教教义强调只能拜上帝，不能拜其他偶像，因此与"祭奠祖先"等很多中国传统习俗产生了很大抵触，使得基督教之前在中国一直没有得到很好的传播和发展，直到后来来中国传教的刚恒毅(1922年-1932年)与雷鸣远神父教宗解释中国人祭祖敬孔礼并不违背教会的信仰，中国人这么地做是为了向已亡的父母和祖先表达尊敬。教宗碧岳十二世因而在1939年12月8日删除了祭祖敬孔的禁令，才解决了这一问题。(彭育申，2000)
1919年巴黎和会对中国的不公，引发五四运动，之后也引发了一场从1922年到1927年间的“非基督教运动”。这场运动与义和团运动不同的是，主要参加者是激进知识青年。
至中华人民共和国成立前夕，基督徒人数不到70万。
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