一、创办背景不同
1、温州医科大学：位于温州，成立于1999年8月，是经国家教育部和浙江省人民政府批准设立的，按新型办学模式和运行机制建立的全日制省属本科独立院校。
2、仁济学院：学校可溯源至创办于1912年的浙江医学专门学校，1958年8月由浙江医学院从杭州分迁至温州建立，初名浙江第二医学院，后以校址所在地改名为温州医学院，2013年更名为温州医科大学。
二、专业设置不同
1、温州医科大学：学校设有15个二级学院，有5所附属医院，在浙江省设有19所非直管附属医院（临床学院），开设26个本科专业，2个专科专业，涉及医学、理学、工学、管理学、文学、法学、教育学等七大学科门类。
2、仁济学院：学院设有8个职能部门及13个学部，即临床医学一部、临床医学二部、人文与管理学部、护理学部、口腔医学部、检验与生命科学学部、外国语学部、环境与公共卫生学部、药学部、信息与工程学部、基础医学部、社会科学教学部、体育教育学部。
现有医学、理学、工学、管理学、文学、法学6大学科门类24个本科专业，其中省重点学科1个、省新兴特色专业4个、市重点建设专业3个。
三、地理位置不同
1、温州医科大学：温州市学院西路268号。
2、仁济学院：学院坐落于温州市瓯海区茶山高教园，新校区（在建）位于温州市洞头区北岙街道新城二期围垦地块，东临大门环路，南靠霓屿路，西侧紧靠滨海大道，北与海景大道相邻。
参考资料来源：百度百科-仁济学院
参考资料来源：百度百科-温州医科大学
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