苏州市疾病预防控制中心的机构设置十分细致和全面，以确保各项公共卫生工作的高效进行。中心内部主要分为以下部门：
党政办公室（监察室）：负责中心的行政管理和监督工作。
科教人事科：处理学术研究、教育培训以及人力资源管理工作。
财务科：管理中心的财务和预算，确保资金的有效利用。
总务设备科：负责中心的设施维护和物资管理。
传染病防制科：致力于预防和控制各类传染病的发生。
性病艾滋病防制科：关注和防控性病及艾滋病的传播。
血（吸虫）寄（生虫）地（方病）慢病防制科：关注地方病和慢性病的防治工作。
结核病防治所：专门负责结核病的预防和治疗。
食品学校卫生科：保障食品安全和学校卫生环境。
环境卫生科：负责城市和公共卫生环境的改善。
职业卫生科：关注和预防职业病，保障劳动者健康。
预防医学诊疗部：提供预防医学的医疗服务。
卫生检测中心：进行各类卫生检测，确保公共卫生质量。
质量管理科：确保中心工作的规范和质量标准。
信息管理科：负责数据管理和信息技术应用。
健康教育所：开展公共卫生知识的教育和宣传。
工会．共青团．退管会办公室：关注员工权益和退休管理工作。
预防医学会．防痨协会办公室：组织专业学术交流和疾病防控研究。
这些科室部门的协同合作，构成了苏州市疾病预防控制中心坚实的基础，共同守护着市民的健康与安全。