研究表明日本人和藏族在基因上是近亲，东亚其他地区除了西藏其他地区都没有d基因。日本的基因是西藏基因占50%成分，至于西藏人怎么到了日本这就不得而知了。还有一部分来自南亚即c基因是3万年前位于菲律宾群岛和印尼群岛的南亚人迁徙过去的，还有一部分是极北基因2万年前位于西伯利亚与北海道地区的人迁移来的，基本是个混合人种。从这里可以断定，徐福不是日本人的祖先。但是根据日本人的考证，徐福确实到过日本。分析古代墓葬遗骨证明，徐福东渡时期，日本关西地区的居民平均身高骤然升高了5厘米，由此推断，这很可能是徐福和他的部属登陆后造成的局部人种改良。还有一个有趣的现象，就是日本科学家发现日本人的基因里，有1％来自中国云南地区，而日语训读发音(土语发音)也和云南纳西族的语音有很多相似之处。
这是怎么回事呢?从徐福东渡，或许可以找到答案。根据中国方面的史籍记载，徐福要求的三千童男童女，秦始皇也没法一下子凑齐，这个时候，秦军刚巧征服了西南夷，于是秦始皇就下令这些被征服的部族提供所需要的童男童女。西南夷，就是现代云南各民族的共同祖先。因此，如果这些西南夷的后代借徐福东渡融入日本人种，带给日本人1％的云南基因便有据可循了。徐福不是日本人的祖先，却帮助日本改良了人种。
在日本的徐福传说中，人们给予徐福高度的评价。在他们看来，徐福率领童男童女来到日本，还有随行的百工，并且带来了五谷种子和先进的生产农具、生产技术以及医术药物，对日本社会的发展作出了重要贡献。正因如此，日本人民尊称徐福为“司农耕神”、“司药神”。
近年来，在中日学界还有一种说法，即认为徐福就是日本的神武天皇。其实，近代中国的变法人士黄遵宪在所著《日本国志》中早就提出过这样的观点。不过这种观点再度被提出，也反映出徐福对于日本人来讲，是一个与神武天皇一样神秘的人物，他们其实都是无法作出真正探究的传说人物。
