长期分裂局面造成的影响，使秦始皇非常关心六国旧地的动静，担心六国旧贵族图谋复辟。为了防止割据的再现，秦始皇把六国富豪和强宗十二万户迁到咸阳，另一部分迁到巴蜀、南阳、三川和赵地，使他们脱离乡土，以便监视。他把缴获的和没收的武器加以销毁，在咸阳铸成十二个各重千石的钟罅铜人。又下令“堕坏城郭，决通川防，夷去险阻”，尽可能消灭封建贵族依以割据的手段。为了控制广阔的国土，特别是六国旧境，秦始皇还修建由首都咸阳通到全国各地的驰道，东穷燕齐，南极吴楚。他自己多次顺着驰道巡游郡县，在很多地方刻石纪功，以示威强。为了加强北方的防务，秦始皇三十五年(前212)，又修筑由咸阳经过云阳(今陕西淳化西北)，直达九原(今内蒙古包头西)的直道，堑山堙谷千八百里。在西南地区，还修筑了今四川宜宾以南至云南昭通的五尺道，于近旁设官进行统治。
秦始皇对分裂割据的思想和政治倾向，也进行了斗争。当时的一些儒生、游士，希望复辟贵族割据局面，他们“人则心非，出则巷议”，引证《诗》《书》、百家语，以古非今。始皇三十四年，丞相李斯请求焚毁《诗》《书》，消灭私学。他建议“史官非秦记皆烧之。非博士官所职，天下敢有藏《诗》《书》、百家语者，悉诣守、尉杂烧之。有敢偶语《诗》《书》者弃市。以古非今者族。吏见知不举者与同罪。令下三十日不烧，黥为城旦。所不去者，医药卜筮种树之书。若欲有学法令，以吏为师”。秦始皇接受了这一建议，于是就发生了焚书事件。第二年，为秦始皇求仙药的方士有诽谤之言，又相邀逃亡，秦始皇派御史侦察咸阳的儒生方士，把其中被认为犯禁者四百六十多人坑死。在早期封建社会的历史条件下，在统一与分裂激烈斗争的年代，秦始皇用焚书坑儒手段来打击贵族政治的思想是可以理解的。但是，焚书坑儒摧残文化，是极其野蛮残暴的事，对于古文献的保存和学术的传授，造成了极大的损失。
秦始皇的事业，是在残酷地剥削压迫人民的条件下，在短短的十几年中完成的，这使秦的统治具有急政暴虐的特征。
在秦统一以后的十几年中，秦始皇维持了一支庞大的军队，建立了一个庞大的官僚机构，进行了多次的大规模战争，完成了巨大的国防建设和土木建筑。秦始皇大大增加了对人民的征敛。据估计，当时全国的人口约为一千多万，而当兵服役的人超过二百万，占壮年男子三分之一以上。当兵服役的人脱离子农业生产，靠农民养活，这就出现了男子力耕，不足以供粮饷，女子纺绩，不足以供衣服的严重局面，大大动摇了秦的统治基础。为了强化地主阶级的统治，秦朝又推行严刑峻法以镇压人民，并且把数十万人民变为封建国家的囚徒。
秦始皇使黔首自实田，在全国范围内正式承认土地私有制。地主阶级凭借这个命令，不仅得以合法占有土地，而且可以用各种手段兼并农民的土地。土地被兼并的农民，不得不以“见税什五”的苛刻条件耕种豪民之田。农民生活悲惨，穿牛马之衣，吃犬彘之食，往往在暴吏酷刑的逼迫下逃亡山林，举行暴动。
这种种情况说明，急政暴虐激化了社会矛盾，秦始皇在完成统一事业的同时，也造成了秦王朝倾覆的条件。所以西汉时的贾谊谈到秦代“群盗满山”的情况时说：秦始皇在世时，他的统治已经在崩溃，虽然他自己并不知道。
公元前210年秦二世胡亥即位。他进一步加重对农民的剥削和压迫，以“税民深者为明吏”，以“杀人众者为忠臣”。他令农民增交菽粟刍藁，自备粮食，转输至咸阳，供官吏、军队以至于狗马禽兽的需要。他继续修建阿房宫，继续发民远戍。徭役征发的对象进一步扩大，农民的困苦达于极点，大规模的农民起义已经到一触即发的地步。
在农民酝酿反秦的时候，潜伏着的六国旧贵族残余势力也在俟机进行分裂活动。始皇三十六年(前211)，东郡出现“始皇帝死而地分”的刻辞，就是这种分裂活动的征兆。