澎湖巡检司。
1281年（元世祖至元十八年）设置，隶属于元朝福建行省泉州府，主官为澎湖巡检。这是中央政权最早管理台、澎的行政机构。
明初循之。1384年（明太祖洪武十七年），因为实施海禁政策而废除澎湖巡检司。1563年，考量到沿海治安等因素，复设。
设置背景：
公元1280―1368年，元世祖忽必烈要求日本镰仓幕府朝贡，因被拒绝，于是出兵征讨日本，途经琉球（台湾）和澎湖。
元朝至元二十八年（1291年），海船副万户杨祥请求带兵6000人前往流求招降，如其不服就发兵攻击，朝廷从其请。当时有从小生长福建沿海、熟知海道利病的吴志斗主张先从澎湖发船往谕，了解水势地利，然后发兵。
当年10月，元政府命杨祥为宣抚使，给金符，吴志斗为礼部员外郎、阮鉴为兵部员外郎，给银符，往使流求，这是元朝当局经营流求的开始。
第二年，他们从汀路尾澳起航，船行不久，望见一个低而长的岛屿，杨祥以为已到流求，率众船停靠岛边，命令刘闰带领200余人分乘11艘小船上岸。
岛上的人听不懂他们的话，引起争执，元军被杀 3人，不得不撤到船上，继续航行，抵达澎湖。第二天，因吴志斗失踪，只好返航，招渝流求的任务没有完成。
过了5年，成宗元贞三年（1297年），元朝政府改福建省为福建平海等处行中书省，并由福州“徒治泉州，以图流求”。
同年九月，福建平章政事高兴派省都镇抚张浩、福州新军万户张进二人率军再次赴流求招谕。这七八年是元朝积极经营台湾的时期。
大约就在这个时期，为了便于对流求的管理，元政府在澎湖设立了巡检司，隶属于晋江县、巡检职位很低，只有九品，主要负责巡逻和查缉罪犯，并兼办盐课。
澎湖巡检司的出现，说明元朝政府已经在这个地区设置了行政管理机构。宋元两朝在澎湖群岛驻兵建置，说明早在12、13世纪，澎湖群岛就已经纳入中国版图了。
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