法律分析：公司不可以因员工自离而克扣工资，应当按照劳动合同约定支付工资。如自离员工因此被公司克扣工资的，可以向当地的劳动监察大队投诉或提起劳动仲裁处理解决。但自动离职给单位造成实际损失的部分，单位可以扣工资，但需要根据法律规定执行。
法律依据：《中华人民共和国劳动合同法》
第四条劳动者违反规定或劳动合同的约定解除劳动合同,对用人单位造成损失的,劳动者应赔偿用人单位下列损失:
(一)用人单位招收录用其所支付的费用;
(二)用人单位为其支付的培训费用,双方另有约定的按约定办理;
(三)对生产、经营和工作造成的直接经济损失;
劳动合同约定的其他赔偿费用。