1、蒜种问题
大蒜在播种时，最怕的就是受伤，如果大蒜有伤口，播种下去之后很容易导致烂根，其次，如果有淋雨发霉的蒜当蒜种，也会出现烂根的情况，所以，在蒜种的筛选上，一定要严格。
2、虫害
主要是一些地下害虫的危害，导致大蒜出现烂根情况，比如蒜蛆、蛴螬、
地老虎、根螨等，预防措施可播前拌种处理，防治措施的话，可用
辛硫磷灌根。
3、病害
病害不太容易判断，一般情况下，导致大蒜烂根的病害有根腐病、细菌性软腐病、大蒜干腐病等，除了能引起烂根外，地上部分的蒜苗也会发黄，严重的直接死棵，还是以播前拌种预防为主，后续根据不同的病害进行打药防治，根腐病可用噻菌铜、氯溴异氰尿酸等，软腐病可用
氢氧化铜、农用硫酸链霉素等，干腐病可用
甲基硫菌灵、多菌灵等药剂。