南京为东吴、东晋、南朝（宋、齐、梁、陈四朝）、南唐、明、太平天国、中华民国首都。
三国时称为建业，是东吴的首都。 西晋避司马邺讳，改名为建康，是东晋京城。 南北朝时期，宋朝、齐朝、梁朝、陈朝皆以此城为都。南朝四朝首都，加之东吴、东晋首都，所以南京亦称六朝古都。
六朝以后为南唐国都。 朱元璋推翻元朝建立明朝后，南京为大明的首都。后明成祖迁都北京，南京亦为南都。
太平天国时期改为天京，为太平天国都。
孙中山领导辛亥革命推翻清朝后建立中华民国，南京被定为中国首都。
随着北洋政府的建立，由南京迁都北京。1927年北伐胜利后，复定都南京。抗日战争期间，1937年国民政府迁往重庆，陪都重庆为临时首都。1945年光复后，回都南京。1949年蒋介石领导国民政府撤退到台湾，但按照自称国民政府的说法，南京至今仍为中华民国的正式首都。