1995年，出任四川南充齿轮厂副厂长，三个月后，工人把他推上了厂长的位置。当时，该厂每年亏损大约600万元，职工1600人，已经亏损了6年，吕友清在半年内恢复了生产，随后在1年半的时间内把该厂扭亏为盈，此后被评为第一批“四川省全心全意靠职工办企业的好厂长”。
1997年8月吕出任南充市副市长，主管工业、招商等。其间，开始组织南充市整个丝绸行业的改制，其时的南充市丝绸企业亏损严重、负债过高，改制涉及10万职工，100多个丝绸厂。经过3年，南充丝绸企业负债减轻了17亿多元。
2001年1月，从美国纽约大学学习回来后，被调往泸州市，出任市委常委、市政府常务副市长。期间，主持全市国有企业改革，在一年半的时间内，完成了市属38户国企以“百分之百转变企业产权，百分之百转变职工身份，百分之百转变经营机制”为主要内容的改革，被省委领导总结为国企改革的“泸州经验”。他还在全省率先实行土地出让方式从行政划拨到公开“招、拍、挂”的改革。
2003年10月，中组部、国资委第一次面向全球公选央企负责人。他的初衷只是想通过亲身参与，学习中央部门公开选拔干部的方法。时任中铝集团总经理、党组书记的郭声琨担任面试主考官，问吕友清对铝了解多少，吕说：“除了推过铝合金门窗以外，铝是什么样子我都没见过。”但最终吕以四川省泸州市委副书记的党务工作者身份获得中铝副总经理一职。中组部、国资委等对其的考察结论是思想政治素质好，对搞好国企改革有信心；工作经历丰富，有多岗位、多层次丰富的工作历程；并且思想解放，敢于碰难问题，为人直率，且勇于承担责任。不足在于年轻气盛，有时候不够冷静，专业知识需要加强。
过关斩将的吕友清成为中铝“分管公司投资、项目管理、基建和海外资源开发工作”的副总经理。不过进入中铝后负责的实际工作，被李荣融总结为“急、难、险、重”，包括中铝的企业稳定、安全生产、节能环保、财务管理、资本运营、绩效考核、法律事务、对外宣传等。
2004年1月，已融入中铝领导班子的吕友清受命改制中铝的存续企业，这是他“最早、最难、也最见成效”的工作。现场调研、听取意见、提出思路，向中铝主要领导汇报，获得认可后确定改革方案，经领导班子讨论后统一公布政策。按此流程，2004年11月，吕友清在重庆西南铝业召开了中铝存续企业改革动员大会。会上确立这些存续企业“服务主业求生存，配套主业求发展”的新思路，同时部署以投资主体多元化、职工身份社会化、后勤服务市场化、职工福利货币化、社会职能属地化为主要内容的“五化改革”。“现在上市公司和存续企业在各自领域内都取得了比较优势，成为互动双赢的整体。这是我所推动的改革给中铝带来的最大变化。”但吕友清也表示，这几年同样落下了一些“想做没有做成的事，想帮没有帮到的人”。
2011年6月，吕友清出任中国驻美国大使馆公使。
