I don't know what he was thinking. 这句话很正确!
这里面有两个问题,需要注意:
1.时态问题。这句话what he was thinking.是过去进行时,意思是:我不知道你当时在想什么?
2.你问为什么不用what does he think,这个句子语序不对,不要疑问语序。在宾语从句中,用陈述语序。如:I don't know what her name is. 不说:I don't know what is her name.
追问问什么时候、什么情况是用does 、do等等助动词提问
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