下载，但是文件格式等问题讲的让人晕，下文较好，可供参考。PAUP软件使用简要说明1.数据输入格式将需要分析的一组DNA数据经Clustal软件比对分析后，将其比对结果的*.aln文件用Mega软件打开并转换为Mega格式（File-〉 Convert To Mega Format），转换结果会以*.meg文件存在与*.aln同一目录下，再用DNAsp软件将*.meg文件转换为PAUP格式（File-〉 Save/Export Date As，以NEXUS File Format保存）即可。2.MP法分析先启动PAUP软件，选择相应数据文件，然后在命令行内依次键入outgroup_外群名 回车Bootstrap_nreps=1000_keepall 回车Describetree 回车Savetrees_from=1 to=1000 回车3.NJ法分析先启动PAUP软件，选择相应数据文件，然后在命令行内依次键入outgroup_外群名 回车Set_criterion=distance 回车Bootstrap_search=nj_nreps=1000_keepall 回车contree 回车Savetrees_from=1_to=1000 回车4.ML法分析先启动PAUP软件，选择相应数据文件，然后在命令行内依次键入outgroup_外群名 回车Set_criterion=likelihood 回车Bootstrap_nreps=100_keepall 回车contree 回车Savetrees_from=1_to=100 回车注：外群名指的是分析数据中外群的代号；下划线“_”表示键入一个空格；
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