始祖鸟化石的发现证明了鸟类是由爬行动物演化而来的。然而，100多年来，科学家对鸟类究竟是由哪一种爬行动物演化而来的一直争论不休。最近几十年，有人还对始祖鸟是否是“鸟类最早的祖先”的定论提出了疑问。有的学者认为：由体温不恒定的、无羽毛的爬行动物进化到恒温热血的、有羽毛的鸟类，是个漫长的过程，在始祖鸟之前还应该有一系列过渡类型的鸟类，始祖鸟不可能是最为原始的鸟类。还有的学者认为：始祖鸟在鸟类的发展史上可能只是鸟类演化中的一支旁系，一些证据说明在它之后的几千万年就有了十分类似现代鸟的种类。总之，很多古生物学家似乎不肯坚信，始祖鸟就是鸟类的真正祖先，他们推测鸟类的祖先可能是比始祖鸟早得多的鸟类。
这种推测快要被证实时，又引出了新的争论。这又是两块化石所引起的。美国得克萨斯州工业大学的古生物学家查特吉，在波斯特城附近距今2.25亿年的地层中，发现了两具乌鸦大小的化石鸟。查特吉的研究表明：它们的形态要比始祖鸟更像鸟类，有鸟类特征的细长前肢、龙骨状胸骨。它们的头骨完全像现代鸟类，而且颌的背部已没有牙齿。这都说明它们比始祖鸟更能够进化到较晚期的鸟类，虽然它们还具有一些爬行类的特征，如颌前端还有四颗牙，有一条尾巴和带爪的指。更重要的是，这两块在北美洲大陆发现的鸟类古化石比那块100多年前在欧洲大陆发现的始祖鸟化石，要整整早7500万年！
所以，这种更古老的鸟类化石，被查特吉取了个比始祖鸟更为原始的名字，叫“原鸟”，即“祖先鸟”的意思。但是，有些科学家对这一化石的鉴定，立刻又有了新的怀疑。美国耶鲁大学的古生物学家奥斯特朋就说，原鸟化石的发现是不大可能的，因为鸟类的脆弱骨骼是难以保存得如此完好的，而且化石上还有一些特征与鸟类不符。这些争论虽然刚刚拉开序幕，但是可以肯定，这场争论已经比过去100多年来的争论更接近揭示鸟类起源的谜底了。