其实曹操杀掉华佗的真正原因是在那个特殊时期，他一方面要笼络人心，另一方面他他要树立自己的威信。华佗这样一代神医死的这样令人可惜，可能也是曹操一大错误吧。
《三国演义》中，曹操的头风病十分严重，民间多名大夫为曹操医治都没有见效，随着时间的流逝，曹操的病情愈来愈严重。后有人向曹操举荐，说民间有一神医名叫华佗，凡是他所出手的病，基本都是手到擒来。曹操随后就命人四处寻找神医，很快华佗就被找到。华佗询问病情后，直接说道曹操的病已经是非药物所能治疗，需开颅救治，这才引起了曹操的误会，以为华佗要借机取他性命，一气之下才将华佗杀之。
而真正的历史上，华佗确是医术高超，但是也并非像小说中所描述的那样神奇。历史上的华佗确是医术高超，这样极具天分之人虽然不爱追逐名利，但是也定会有些桀骜不驯，他云走四方，在民间为人医病，从不会因为病人付不起医药费而拒绝给人治病，就是这样的华佗，被曹操的手下人带到曹府后，他为曹操医病，许多其他的病都是手到病除，唯独头风病却不是一时就能治好，也许是华佗都无法治愈吧，华佗以妻子生病告假，而后迟迟不回曹府。这下得罪了曹操。
曹操非常气愤，一气之下，将华佗杀之。其实，曹操杀华佗并非是说他是一个小肚鸡肠之人，只是那时间特殊，曹操要立住自己的威风，正所谓杀鸡儆猴，让其人都见识到，不是立功就可以为所欲为，违背了他曹操的意愿，无论是谁都得死。
曹操杀掉华佗恰恰是因为华佗医术过于高超，他看出了曹操疾病的真实情况。在当时曹操作为最高掌权者，他的身体状况需要高度保密，而医术较高，政治能力低下的华佗并不明白其中道理。所以他才会在众人面前说出了曹操的身体情况，也就是因为这个原因，曹操最终选择将其杀害。
东汉末年的曹操权倾一时，是当时最有权力的一代枭雄。而华佗是驰名华夏的在世神医。当华佗为曹操看病时，最终因为曹操不满他的医疗方案而将其杀害。这个理由被世人相信了千百年。其实若仔细分析，其中必有另外原因。
首先曹操虽然生性多疑，但是华佗为其提供的仅仅是一个治疗方案。如果曹操不放心，大可拒绝华佗的外科手术，转而让其对自己进行保守治疗。而华佗又是当时著名的神医，在民间享有很高的威望，若杀害华佗曹操必将陷入不义之名中去，所以于情于理曹操都不会因为不接受华佗的治疗方案而将其杀害。归根到底还是因为华佗触碰到了曹操的逆鳞，华佗以自己高超的医术看出了曹操身体的真实情况。
在当时高度集权的封建社会，最高领导人掌握着最高的权力，他的一举一动都将会影响一个国家的命运，所以曹操的身体情况需要高度保密。若人人都知道曹操命不久矣，那么在这个乱世之中，不知道有多少人会摩拳擦掌蠢蠢欲动。正是因为曹操最忌讳这一点，害怕华佗将来会在民间散播他的真实情况，才会冒天下大不韪的将其杀害。