关于你说的日本的朝代，其实日本就一个朝代，没有发生过类似于中国的朝代更替现象，只是根据权力所属的不同而分了几个时代。关于日本天皇的年号问题你可以看这里
http://aullern.blogchina.com/607310.html 关于日本各个时代的划分大体如下：
绳文时代 约前10000年～约前300年
弥生时代 前3世纪～3世纪
古坟时代 3世纪后期～7世纪
飞鸟时代 6世纪末～710
奈良时代 710～794（遣唐使就是这个时代的）
平安时代 794～1192 （曰本迁都平安京，也就是现在的京都）
镰仓时代 1192～1333 （第一个幕府政权在这个时代产生，这个时期相当于中国的南宋）
室町时代 1333～1467 （足利幕府，《聪明的一休》里的足利义满将军就是这个时代的）
战国时代 1467～1573 （最有名的织田信长，丰臣秀吉都是这个时代的，也是忍者最活跃的时代，比较有名的甲贺伊贺这个时期都有。）
安土桃山时代 1573～1603（1582年本能寺之变。1590年丰臣秀吉统一曰本。丰臣秀吉统治的30年左右时间称为桃山时代。秀吉由于出身低微而没有开幕府，而是被封为关白，比较有名的太阁立志传里的太阁说的就是他。）
江户时代 1603～1867 （德川家康于1603年在江户设立幕府政权，江户即现东京。）
明治时代 1868～1912（明治维新，都听说过。）
大正时代 1912～1926 （1914～1918年，第一次世界大战中。《凡尔赛和约》成为“五四运动”导火索。）
昭和时代 1926～1989 （第二次世界大战，不必多说了，大家都知道。）
平成时代 1989～至今（明仁天皇的年号叫平成。其实明治，大正，昭和也都是天皇的年号。）
另外关于忍者，他们的工作主要是为主公进行秘策、破坏、暗杀、收集敌方前线情报、搅乱敌方后援基地等活动。类似于间谍或者特工。因此你可以想象，关于忍者的详细史料是不可能留下的。所以忍者的发展史大概也没有人能够断言。
我对忍者的了解也就是动画片里的那点，什么上忍中忍下忍，忍术体术，手里剑忍刀之类的。不过可以肯定忍者在历史舞台上的确存在，而且某些时候还影响了历史的进程，比如织田信长就有一次因为攻打伊贺造成了与德川家康关系的恶化。忍者最活跃的时期应该就是日本战国时代，安土桃山时代以及江户时代。关于更多的关于忍者的东西，多查查百度，里面有很多。还是那句话，估计很难有人能够十分准确的说明忍者的发展史。