所谓“犒赏三军”，如果放在当代，却是可以说是去犒赏海陆空三军，但若是放在古代，却是不能这么说了，古代虽有海军、陆军，但却没有空军，因此古代版的“犒赏三军”，却不是指犒赏海陆空三军。
周制，天子可有六军，诸侯大国可有三军。因此，在西周至春秋时期，一般的诸侯国都会设三军，而对于三军的称谓，各诸侯国却是略有不同，如晋国、齐国、鲁国和吴国称中军、上军、下军；楚国称中军、左军、右军；魏国称前军、中军、后军，因此在春秋时期，三军的称谓并不固定，可称中上下军，也可称中左右军，亦可称前中后军。
当然，在大部分的典籍中，“三军”一般指的就是前、中、后三军，所谓的前军一般指的就是先锋军，他们主要负责修路、架桥、侦察等事务，同时应付小规模的战斗。所谓的中军一般指的是主力军，就是三军统帅所处的大军，由主帅直接指挥的部队。所谓的后军一般指的是后勤部队，主要负责运输全军的军用物资，由工匠、以及大量的民工组成。
而到了战国时期，因周天子的威严已经淡然无存，那些强大的诸侯国早已不将周天子放在眼里，因此他们不再遵循“天子可有六军，诸侯大国可有三军”的规定，其军队的数量早已远超周天子。因此，到战国时期，严格意义上来说，早已经没有三军的说法。
当然，此时在秦国却有着另外一种“三军”的说法，《商君书·兵令》载：“三军：壮男为一军，壮女为一军，男女之老弱者为一军，此之谓三军也。”，在秦国，所谓的三军就是指壮男组成的一军，壮女组成的一军，男女老弱者组成的一军。
到了秦汉时期以后，“三军”不再单独指某些军队，而是统指军队。当然，在行军打战时，还是有着三军的称呼，这时三军一般指的就是前军（先锋军）、中军（主力军）、后军（后勤军）。
因此，如题主所问，诸葛亮所说的“犒赏三军”中的“三军”可以是指参加北伐的所有军队，即前、中、后军，也可以是指由诸葛亮直接指挥的军队。