近几十年来，疏勒河流域地表、地下水资源的开发利用取得了显著的成绩，兴建了一大批水利工程，在极其干旱的气候条件下，建设了总面积达124.67万亩的灌区，取得了巨大的社会效益和经济效益。但从经济和社会发展的要求来看，地下水的开发利用尚存在以下几个方面的问题：
（一）水资源浪费严重，开发利用效益低下
农业是疏勒河流域的用水大户，地下水开采总量中的90%以上用于农业灌溉。由于区内节水灌溉技术落后，绝大部分灌区至今仍采用粗放、低效的大水漫灌，平均灌溉定额达650～800m3/亩，部分灌区高达1000m3/亩，渠系利用率0.45～0.55，部分在0.35～0.45之间；每立方水产粮0.15～0.30kg，粮食耗水量3.2～6.8m3/kg；每立方水产棉0.030kg，棉花耗水量8～26.5m3/kg。每立方水综合产值仅为2.46元，位居河西走廊之尾，开发利用效益低下。
（二）布井不尽合理，缺乏统一规划
区内现有的开采井，大部分是根据耕地所处的位置、需水状况随机而建，没有形成一个统一的规划模式，因而在局部出现井点密度过高，农灌高峰期井与井之间相互干扰严重，部分地段出现掉泵，以至于水井报废等现象，从而严重制约了当地工农业生产的发展。
（三）部分地段超采严重，已出现环境地质问题
党河灌区是全区开采量最大的地区，平均井点密度8点/km2，地下水开采量7286万m3/a，开采模数33.38万m3/（km2·a），灌区内绝大部分段处于超采状态，致使灌区南部地下水位持续下降，进而加速了著名的月牙泉泉湖面积大幅度减少，五墩乡一带出现树木枯萎的现象。若不及时采取措施，闻名中外的沙漠奇观月牙泉将不复存在，五墩一带万亩粮田将沦为沙化地。
（四）用水结构不尽合理
区内地下水资源在开发利用上重农轻林牧，结构比例失调，从而降低了水的利用程度。本区畜牧业有着悠久的历史，发展牧业不仅可利用流域内的草场资源，而且由于牧草对土壤、水质的适应性较广，可以利用农业所不能利用的地下水源，从而提高了水资源的利用效益。种植牧草又有利于改良土壤，抑制土地沙化进程。目前，随着人口剧增，一味地开垦耕地，发展单一种植等从经济效益上看是不合理的，既对当地生产、生活水平的提高不利，也影响了其他产业的发展，并干扰和破坏了脆弱的生态环境系统，因此，应大力发展林牧灌区，避免出现一方面地下水资源过度集中开采，地下水位持续下降，而另一方面蕴藏丰富的地下水资源未被开发利用的局面。
（五）流域管理不统一，未能形成水资源的优化调度
在上下游水量分配、地表水和地下水联合调度调控开采以及生态环境保护方面还存在诸多问题。流域内地表水和地下水存在着复杂的转化关系，中游盆地用水量比较大，而下游的来水中，由中游盆地地下水转化而成的泉水占重要地位。由于流域中上游用水的增加，从20世纪70年代开始已造成流域下游水源的持续减少，疏勒河干流双塔水库以下已基本断流，下游地区地下水位出现持续下降，泉眼干涸，原来的河水、泉水灌溉已变为河水、井水灌溉。要实现流域水资源承载能力下的可持续发展，必须从流域整体观念出发，统一合理地分配和调度水资源，达到流域的均衡发展，避免由于水资源调配不当而造成下游被迫弃耕等问题。