高分跪求生命科学院同学帮助，需要学过生物信息学，我这里有期末考试题，熟悉PDB数据库、蛋白质序列、mRNA

Question

和基因组序列，有四个题，需要熟悉许多软件，这对我非常重要，关乎前途！完成后必有重谢（除了分数之外）！！

Answer 1

1. 从PDB数据库中找一个3D结构已知的蛋白，查询取得其蛋白质序列、mRNA序列（仅包含ORF/CDS）和基因组序列（10分）；

2. 用Homologene或BlastP从蛋白质数据库中找15种以上与其高度同源的蛋白质序列，将序列下载并保存为一个FASTA格式的文件（10分）；

3. 找到每个蛋白相应的mRNA序列，截取从起始密码子到终止密码子的开放阅读框（ORF/CDS），将序列下载并保存为一个FASTA格式的文件（10分）；

4. 对比基因组序列和mRNA序列，用SIM4和GENESCAN分别找出并图示其外显子和内含子（10分）；

5. 用ClustalW、MUSCLE、MAFFT、T-coffee、PRANK和CAUSA等软件，分别对以上同源基因做多序列比对（10分）;

6. 用MEGA、PHLIP或其他软件分别用NJ法和ML法对以上同源基因做系统发生分析，画出基因分子进化树，比较各种比对方法和算法所画出的进化树异同，并分析进化树是否和物种进化树一致、并说明其原因（10分）；

7. 找出保守区间，在保守区间设计PCR简并引物（10分）;

8. 在蛋白质分析网站（ExPaSy、PDB、Swiss model等）分析该基因所编码的蛋白质，并进行一、二、三级结构预测（10分）；

9. 在DDD和GEO分析该基因的具体功能和表达情况（提供证据如检索到的文献目录和摘要（10分）。

10. 查找能够调控该基因表达的microRNA，预测其目标及功能（10分）。

Answer 2

题呢追问

1、从PDB数据库中找一个3D结构已知的蛋白，查询取得其蛋白质序列、mRNA序列（仅包含ORF/CDS）和基因组序列；
2、用Homologene或BlastP从蛋白质数据库中找出15种以上与其高度同源（Coverage>80%, 相似性>80%）的蛋白质序列，将序列下载并保存为一个FASTA格式的文件；
3、找到每个蛋白相应的mRNA序列，截取从起始密码子到终止密码子的开放阅读框/编码序列（ORF/CDS），将序列下载并保存为一个FASTA格式的文件；

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